Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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calcul [2011/03/11 05:26] – gerard | calcul [2023/04/25 09:39] – chabrol | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
- | ====== Moyens pour le calcul scientifique | + | ====== Moyens pour le calcul scientifique |
- | ===== Informations ===== | ||
- | |||
- | * Une [[http:// | ||
- | * Exemple d' | ||
- | * Notes pour le [[http:// | ||
===== Le matériel ===== | ===== Le matériel ===== | ||
Ligne 12: | Ligne 7: | ||
==== Ressources locales ==== | ==== Ressources locales ==== | ||
- | ^ Nom de la machine | + | ^ Nom de la machine |
- | | < | + | | [[reserve: |
- | | | + | | [[reserve: |
- | | | + | | [[reserve: |
- | | [[reserve:octopus]] | | + | | [[reserve: |
+ | | [[reserve: | ||
+ | | [[reserve: | ||
+ | | [[reserve:serveurs: | ||
+ | Ancienne marchine qui ne marchent plus : octopus et holopherne | ||
- | Un [[https:// | + | ==== Répertoire personnel ==== |
+ | HOME_DIR monté, sur le serveur signal est le même que celui sur www.i2m.univ-amu.fr, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | /* | ||
+ | Un [[https:// | ||
==== Ressources complémentaires ==== | ==== Ressources complémentaires ==== | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
- | * [[grille]] accès depuis le LATP | + | * [[grille]] accès depuis le réseau du laboratoire |
+ | * [[http:// | ||
Ligne 46: | Ligne 51: | ||
+ | ===== Executer ===== | ||
+ | Le plus simple (et recommandé) est d' | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q small ./script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | * qsub est la commande pour soumettre la tâche. Lorsque la tâche est terminée, on reçoit un mail | ||
+ | * //small// est le nom d'une des queues disponibles (voir '' | ||
+ | * le troisième argument est un script contenant le programme à exécuter (programme fortran, C, etc... ou scilab, matlab, ...) | ||
+ | Cette commande peut être lancée depuis une des machinées citées plus haut, ou penelope. | ||
+ | __Mode paramétrique__ | ||
+ | Si on veut lancer plusieurs fois le même programme en faisant varier un paramètre, il faut lancer la commande suivante: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -t 40-100:10 -q big calculs/ | ||
+ | </ | ||
+ | Ici, on va avoir un paramètre qui varie de 40 à 100 par pas de 10. Ce paramètre est récupéré dans le script de lancement de la façon suivante: | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -M bradji@cmi.univ-mrs.fr, | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | / | ||
+ | </ | ||
+ | le script Scilab contient la ligne (la ligne de commandes contient 6 items): | ||
+ | < | ||
+ | args = sciargs(); | ||
+ | disp(args(6)); | ||
+ | N=sscanf(args(6), | ||
+ | disp(N); | ||
+ | </ | ||
+ | d' | ||
+ | ==== les queues ==== | ||
+ | ^ nom ^ ressources ^ choix ^ | ||
+ | | small | 3 slots | à utiliser en priorité, le temps d' | ||
+ | | big | 1 slot | à réserver aux jobs gros consommateurs de ressources, mémoire limitée à 22Go | | ||
+ | | long | 1 slot | à réserver aux jobs longs | | ||
+ | |||
+ | Il est possible de changer de queue, si le job est en attente, et qu'une autre queue est libre: | ||
+ | < | ||
+ | $ status -a | ||
+ | Running jobs: | ||
+ | job-ID | ||
+ | ----------------------------------------------------------------------------- | ||
+ | ... | ||
+ | Waiting | ||
+ | jobs: | ||
+ | job-ID | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | ... | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | ... | ||
+ | | ||
+ | -------------------------- | ||
+ | | ||
+ | long | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | </ | ||
+ | il faut utiliser la commande qalter: | ||
+ | < | ||
+ | qalter -q big 14893 | ||
+ | </ | ||
+ | ==== le script ==== | ||
+ | Un exemple avec scilab: | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -M moi@cmi.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | |||
+ | . / | ||
+ | module purge scilab | ||
+ | module load scilab/ | ||
+ | scilab -nwni -f / | ||
+ | </ | ||
+ | ou avec matlab (mais ne fonctionnera pas sur holopherne car il n y a pas licence sur ce serveur) | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -M moi@cmi.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | |||
+ | export LC_ALL=en_US.UTF-8 | ||
+ | . / | ||
+ | module purge matlab | ||
+ | module load matlab/7.13 | ||
+ | |||
+ | matlab -nodesktop -nodisplay -nojvm < / | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | <note important> | ||
+ | |||
+ | On soumet le job: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q small -v a=0 -v fa=-5 script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | (ici en passant deux variables d' | ||
+ | \\ | ||
+ | Le système répond: | ||
+ | < | ||
+ | Your job NNNN (" | ||
+ | </ | ||
+ | et crée 2 fichiers sujet_du_message.oNNNN et sujet_du_message.eNNNN dans votre homedir | ||
+ | |||
+ | Une [[http:// | ||
+ | |||
+ | ==== Récupération des résultats ==== | ||
+ | * l' | ||
+ | * tant que le job n'est pas terminé, on peut regarder les messages éventuels dans deux fichiers, s'ils sont présents: | ||
+ | < | ||
+ | sujet_du_message.o< | ||
+ | sujet_du_message.e< | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Informations ===== | ||
+ | |||
+ | * Exemple d' | ||
+ | * Notes pour le [[https:// | ||
+ | */ |