Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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calcul [2012/01/27 09:43] – [les queues] gerard | calcul [2023/04/25 09:40] – [Répertoire personnel] chabrol | ||
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- | ====== Moyens pour le calcul scientifique | + | ====== Moyens pour le calcul scientifique |
- | ===== Informations ===== | ||
- | |||
- | * Une [[http:// | ||
- | * Exemple d' | ||
- | * Notes pour le [[http:// | ||
===== Le matériel ===== | ===== Le matériel ===== | ||
Ligne 12: | Ligne 7: | ||
==== Ressources locales ==== | ==== Ressources locales ==== | ||
- | ^ Nom de la machine | + | ^ Nom de la machine |
- | | < | + | | [[reserve: |
- | | | + | | [[reserve: |
- | | | + | | [[reserve: |
- | | [[reserve:octopus]] | | + | | [[reserve: |
+ | | [[reserve: | ||
+ | | [[reserve: | ||
+ | | [[reserve:serveurs: | ||
+ | |||
+ | Ancienne marchine qui ne marchent plus : octopus et holopherne | ||
+ | |||
+ | ==== Répertoire personnel ==== | ||
+ | HOME_DIR monté, sur le serveur **signal** est le même que celui sur www.i2m.univ-amu.fr, | ||
+ | |||
+ | HOME_DIR monté, sur le serveur **t630-2** est le même que celui sur protis.i2m.univ-amu.fr. | ||
- | Un [[https:// | + | /* |
+ | Un [[https:// | ||
==== Ressources complémentaires ==== | ==== Ressources complémentaires ==== | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
- | * [[grille]] accès depuis le LATP | + | * [[grille]] accès depuis le réseau du laboratoire |
+ | * [[http:// | ||
Ligne 51: | Ligne 58: | ||
qsub -q small ./script.sh | qsub -q small ./script.sh | ||
</ | </ | ||
- | * qsub est la commande pour soumettre la t^che. Lorsque la tâche est terminée, on reçoit un mail | + | * qsub est la commande pour soumettre la tâche. Lorsque la tâche est terminée, on reçoit un mail |
- | * small est le nom d'une des queues disponibles (voir ? pour la liste des qsueues | + | * //small// est le nom d'une des queues disponibles (voir '' |
- | * le troisième argument est un script contenant le programme à exécuter (programme fortran, C, etc... ou scliab, matlab, ...) | + | * le troisième argument est un script contenant le programme à exécuter (programme fortran, C, etc... ou scilab, matlab, ...) |
- | Cette commande | + | Cette commande |
+ | __Mode paramétrique__ | ||
+ | Si on veut lancer plusieurs fois le même programme en faisant varier un paramètre, il faut lancer la commande suivante: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -t 40-100:10 -q big calculs/ | ||
+ | </ | ||
+ | Ici, on va avoir un paramètre qui varie de 40 à 100 par pas de 10. Ce paramètre est récupéré dans le script de lancement de la façon suivante: | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -M bradji@cmi.univ-mrs.fr, | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | / | ||
+ | </ | ||
+ | le script Scilab contient la ligne (la ligne de commandes contient 6 items): | ||
+ | < | ||
+ | args = sciargs(); | ||
+ | disp(args(6)); | ||
+ | N=sscanf(args(6), | ||
+ | disp(N); | ||
+ | </ | ||
+ | d' | ||
==== les queues ==== | ==== les queues ==== | ||
^ nom ^ ressources ^ choix ^ | ^ nom ^ ressources ^ choix ^ | ||
Ligne 98: | Ligne 128: | ||
#$ -m be | #$ -m be | ||
- | /local/apps/scilab-5.2.0/bin/scilab -nwni -f monprog.sce | + | . /etc/profile.d/modules.sh |
+ | module purge scilab | ||
+ | module load scilab/5.4.0 | ||
+ | scilab -nwni -f / | ||
</ | </ | ||
+ | ou avec matlab (mais ne fonctionnera pas sur holopherne car il n y a pas licence sur ce serveur) | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -M moi@cmi.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | |||
+ | export LC_ALL=en_US.UTF-8 | ||
+ | . / | ||
+ | module purge matlab | ||
+ | module load matlab/7.13 | ||
+ | |||
+ | matlab -nodesktop -nodisplay -nojvm < / | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | <note important> | ||
+ | |||
+ | On soumet le job: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q small -v a=0 -v fa=-5 script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | (ici en passant deux variables d' | ||
+ | \\ | ||
+ | Le système répond: | ||
+ | < | ||
+ | Your job NNNN (" | ||
+ | </ | ||
+ | et crée 2 fichiers sujet_du_message.oNNNN et sujet_du_message.eNNNN dans votre homedir | ||
Une [[http:// | Une [[http:// | ||
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+ | |||
+ | ===== Informations ===== | ||
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+ | * Exemple d' | ||
+ | * Notes pour le [[https:// | ||
+ | */ |