Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- scipy [2008/03/05 13:05] – gerard
+++ scipy [2008/10/30 10:09] – gerard
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== référence ======
+====== A propos de python ======
-  [[http://www.scipy.org/Download]]
+On trouve plusieurs versions de python sur nemo:
+^ origine ^ chemin ^ version ^ PYTHONPATH ^ 32/64 ^
+| SUNWPython | /usr/bin/python | 2.4.4 | /local/apps/lib/python2.4/site-packages | |
+| SMCpython | /usr/local/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/smc/lib/python2.5/site-packages | |
+| CSWpython | /opt/csw/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/csw/lib/python2.5/site-packages | |
+| sources | /local/apps/bin/python | 2.5.2 | /local/apps/lib/python2.5/site-packages | |
-====== Installation ======
-  * numpy-1.0.4.tar.gz
+===== Compilation de python =====
+==== 32 bits ====
+<code>
+./configure --prefix=/local/apps \
+CC=cc CXX=CC \
+CPPFLAGS="-I/usr/sfw/include" \
+LDFLAGS="-L/usr/sfw/lib -R/usr/sfw/lib"
+</code>
+Penser à commenter OPT: dans le Makefile
+==== 64 bits ====
+<code>
+./configure --prefix=/local/apps/64 \
+CC=cc CXX=CC \
+CPPFLAGS="-m64 -I/usr/sfw/include" \
+LDFLAGS="-m64 -L/usr/sfw/lib/64 -R/usr/sfw/lib/64"
+</code>
+erreur:
+<code>
+"/local/apps/src/Python-2.5.2/./Include/pyport.h", line 761: #error: "LONG_BIT definition appears wrong for platform (bad gcc/glibc config?)."
+cc: acomp failed for /local/apps/src/Python-2.5.2/Modules/_struct.c
+</code>
+voir [[http://mail.python.org/pipermail/python-bugs-list/2007-January/036647.html]]
+====== numpy ======
+===== Installation avec Python 2.4 =====
+  * [[http://www.scipy.org/Download|numpy-1.0.4.tar.gz]]
 se logger devel1 sur nemo:
 <code>
@@ Ligne 14: / Ligne 47: @@
 library_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/lib
 include_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/include
+[blas]
+blas_libs = sunperf
+[lapack]
+lapack_libs = sunperf
+</code>
+remove numpy/distutils/fcompiler/sun.py f77compact from the optionlist, et enfin:
+<code>
+> python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
+</code>
+et s'installe dans /local/apps/lib/lib/python2.4/site-packages/
+Le test:
+<code>
+setenv PYTHONPATH /local/apps/lib/lib/python2.4/site-packages/
+python -c 'import numpy; numpy.test()'
+</code>
+échoue sur:
+<code>
+======================================================================
+FAIL: check_large_types (numpy.core.tests.test_scalarmath.TestPower)
+----------------------------------------------------------------------
+Traceback (most recent call last):
+  File "/local/apps/lib/lib/python2.4/site-packages/numpy/core/tests/test_scalarmath.py", line 52, in check_large_types
+    assert b == 6765201, "error with %r: got %r" % (t,b)
+AssertionError: error with <type 'numpy.float96'>: got 6765201.00000000000364
+</code>
+et pourtant:
+<code>
+nemo-henry% /usr/bin/python
+Python 2.4.4 (#1, Jan  9 2007, 23:31:33) [C] on sunos5
+Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
+>>> 6765201 == 6765201.00000000000364
+True
+>>>
+</code>
+===== Installation avec Python 2.5 =====
+se logger devel1 sur nemo:
+<code>
+module load ss12 hpc
+</code>
+fichier site.cfg dans numpy/distutils/
+<code>
+[DEFAULT]
+library_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/lib:/opt/csw/lib
+include_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/include:/opt/csw/include
 [blas]
@@ Ligne 24: / Ligne 108: @@
 et enfin:
 <code>
-> python setup.py install --prefix=$HOME/python | & tee INSTALL.LOG
+> setenv LDFLAGS "-L/opt/csw/lib -R/opt/csw/lib"
+> /opt/csw/bin/python setup.py install --prefix=$HOME/lib/blastwave | & tee INSTALL_BLASTWAVE.LOG
+</code>
+et s'installe dans /local/apps/lib/blastwave/lib/python/site-packages
+Le test:
+<code>
+setenv PYTHONPATH /local/apps/lib/blastwave/lib/python/site-packages
+/opt/csw/bin/python -c 'import numpy; numpy.test()'
 </code>
+===== Installation avec python 2.5.2 =====
+python a été recompilé à partir des sources:
+<code>
+> module load ss12 hpc
+> setenv PATH /local/apps/lib/bin:/opt/SUNWhpc/bin:/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/local/wrapper/bin:/usr/bin:/usr/bin:/usr/ccs/bin:/usr/sfw/bin
+> python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
+====== scipy ======
+===== Installation avec python 2.4 =====
   * scipy-0.6.0.tar.gz
@@ Ligne 39: / Ligne 142: @@
 >
 > python setup.py config_fc --help-fcompiler
-Running from numpy source directory.
 SunFCompiler instance properties:
   archiver        = None
@@ Ligne 48: / Ligne 151: @@
   compiler_fix    = ['/opt/studio12/SUNWspro/bin/f90', '-fixed', '-
                     xcode=pic32']
-  libraries       = ['fsu', 'sunmath', 'mvec', 'f77compat']
+  libraries       = ['fsu', 'sunmath', 'mvec']
   library_dirs    = []
   linker_exe      = None
-  linker_so       = ['/opt/studio12/SUNWspro/bin/f90', '-Bdynamic', '-G', '-Bdynamic', '-G']
+  linker_so       = ['/opt/studio12/SUNWspro/bin/f90', '-Bdynamic', '-G', '-
+                    Bdynamic', '-G']
   object_switch   = '-o '
   ranlib          = None
@@ Ligne 60: / Ligne 164: @@
 </code>
+Puis, en s'inspirant du [[http://mailman.rwth-aachen.de/pipermail/sunhpc/2008-March/000424.html|message]]
+<code>
+> setenv LD_PRELOAD /usr/lib/libmtsk.so
+> wget "http://downloads.sourceforge.net/scipy/scipy-0.5.2.1.tar.gz?modtime=1187640016&big_mirror=0"
+> tar xzf ../downloads/scipy-0.5.2.1.tar.gz
+> cd scipy-0.5.2.1/
+> python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
-  python setup.py config_fc --fcompiler=<Vendor> install
-  python setup.py install --fcompiler=sun --prefix=$HOME/python |& tee INSTALL.LOG
+</code>
+===== Installation avec python 2.5.1 =====
-pour numpy:
+<code>
-> python setup.py config --help
+> which python
-Running from numpy source directory.
+/opt/csw/bin/python
-Global options:
+> /opt/csw/bin/python -c 'import os,sys;print os.name,sys.platform'
-  --verbose (-v)  run verbosely (default)
+posix sunos5
-  --quiet (-q)    run quietly (turns verbosity off)
+> /opt/csw/bin/python -c 'import sys;print sys.version'
-  --dry-run (-n)  don't actually do anything
+.5.1 (r251:54863, Nov  3 2007, 02:54:36) [C]
-  --help (-h)     show detailed help message
+</code>
-Options for 'config' command:
+Puis, en s'inspirant du [[http://mailman.rwth-aachen.de/pipermail/sunhpc/2008-March/000424.html|message]]
-  --compiler           specify the compiler type
+<code>
-  --cc                 specify the compiler executable
+> setenv LD_PRELOAD /usr/lib/libmtsk.so
-  --include-dirs (-I)  list of directories to search for header files
+> wget "http://downloads.sourceforge.net/scipy/scipy-0.5.2.1.tar.gz?modtime=1187640016&big_mirror=0"
-  --define (-D)        C preprocessor macros to define
+> tar xzf ../downloads/scipy-0.5.2.1.tar.gz
-  --undef (-U)         C preprocessor macros to undefine
+> cd scipy-0.5.2.1/
-  --libraries (-l)     external C libraries to link with
+> /opt/csw/bin/python setup.py install --prefix=$HOME/lib/blastwave | & tee INSTALL.LOG
-  --library-dirs (-L)  directories to search for external C libraries
-  --noisy              show every action (compile, link, run, ...) taken
-  --dump-source        dump generated source files before attempting to
-                       compile them
-  --fcompiler          specify the Fortran compiler type
-usage: setup.py [global_opts] cmd1 [cmd1_opts] [cmd2 [cmd2_opts] ...]
-   or: setup.py --help [cmd1 cmd2 ...]
+</code>
-   or: setup.py --help-commands
-   or: setup.py cmd --help
->
-python setup.py install
-site.cfg
+====== PyStemmer ======
+s'installe sans problème
+<code>
+/local/apps/src/PyStemmer-1.0.1
+> python setup.py install --prefix=$HOME/lib
+running install
+running build
+running build_ext
+running install_lib
+copying build/lib.solaris-2.10-i86pc-2.4/Stemmer.so -> /local/apps/lib/lib/python2.4/site-packages
-python -c 'import numpy; numpy.test()'
+</code>
+====== PyML ======
+  * problèmes de [[compil_pyml|compilation]]