Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- scipy [2008/03/06 08:20] – gerard
+++ scipy [2008/10/30 10:09] – gerard
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== numpy ======
+====== A propos de python ======
+On trouve plusieurs versions de python sur nemo:
+^ origine ^ chemin ^ version ^ PYTHONPATH ^ 32/64 ^
+| SUNWPython | /usr/bin/python | 2.4.4 | /local/apps/lib/python2.4/site-packages | |
+| SMCpython | /usr/local/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/smc/lib/python2.5/site-packages | |
+| CSWpython | /opt/csw/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/csw/lib/python2.5/site-packages | |
+| sources | /local/apps/bin/python | 2.5.2 | /local/apps/lib/python2.5/site-packages | |
+===== Compilation de python =====
+==== 32 bits ====
+<code>
+./configure --prefix=/local/apps \
+CC=cc CXX=CC \
+CPPFLAGS="-I/usr/sfw/include" \
+LDFLAGS="-L/usr/sfw/lib -R/usr/sfw/lib"
+</code>
+Penser à commenter OPT: dans le Makefile
+==== 64 bits ====
+<code>
+./configure --prefix=/local/apps/64 \
+CC=cc CXX=CC \
+CPPFLAGS="-m64 -I/usr/sfw/include" \
+LDFLAGS="-m64 -L/usr/sfw/lib/64 -R/usr/sfw/lib/64"
+</code>
+erreur:
+<code>
+"/local/apps/src/Python-2.5.2/./Include/pyport.h", line 761: #error: "LONG_BIT definition appears wrong for platform (bad gcc/glibc config?)."
+cc: acomp failed for /local/apps/src/Python-2.5.2/Modules/_struct.c
+</code>
+voir [[http://mail.python.org/pipermail/python-bugs-list/2007-January/036647.html]]
+====== numpy ======
 ===== Installation avec Python 2.4 =====
   * [[http://www.scipy.org/Download|numpy-1.0.4.tar.gz]]
@@ Ligne 20: / Ligne 55: @@
 </code>
-et enfin:
+remove numpy/distutils/fcompiler/sun.py f77compact from the optionlist, et enfin:
 <code>
 > python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
@@ Ligne 52: / Ligne 87: @@
 >>>
 </code>
 ===== Installation avec Python 2.5 =====
+se logger devel1 sur nemo:
+<code>
+module load ss12 hpc
+</code>
+fichier site.cfg dans numpy/distutils/
+<code>
+[DEFAULT]
+library_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/lib:/opt/csw/lib
+include_dirs = /opt/studio12/SUNWspro/include:/opt/csw/include
+[blas]
+blas_libs = sunperf
+[lapack]
+lapack_libs = sunperf
+</code>
+et enfin:
+<code>
+> setenv LDFLAGS "-L/opt/csw/lib -R/opt/csw/lib"
+> /opt/csw/bin/python setup.py install --prefix=$HOME/lib/blastwave | & tee INSTALL_BLASTWAVE.LOG
+</code>
+et s'installe dans /local/apps/lib/blastwave/lib/python/site-packages
+Le test:
+<code>
+setenv PYTHONPATH /local/apps/lib/blastwave/lib/python/site-packages
+/opt/csw/bin/python -c 'import numpy; numpy.test()'
+</code>
+===== Installation avec python 2.5.2 =====
+python a été recompilé à partir des sources:
+<code>
+> module load ss12 hpc
+> setenv PATH /local/apps/lib/bin:/opt/SUNWhpc/bin:/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/local/wrapper/bin:/usr/bin:/usr/bin:/usr/ccs/bin:/usr/sfw/bin
+> python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
 ====== scipy ======
+===== Installation avec python 2.4 =====
   * scipy-0.6.0.tar.gz
@@ Ligne 99: / Ligne 174: @@
 </code>
+===== Installation avec python 2.5.1 =====
-====== PyML ======
 <code>
-> cd src/PyML-0.6.15
+> which python
-> python setup.py build
+/opt/csw/bin/python
+> /opt/csw/bin/python -c 'import os,sys;print os.name,sys.platform'
+posix sunos5
+> /opt/csw/bin/python -c 'import sys;print sys.version'
+.5.1 (r251:54863, Nov  3 2007, 02:54:36) [C]
 </code>
-lorsqu'on a cette erreur:
+Puis, en s'inspirant du [[http://mailman.rwth-aachen.de/pipermail/sunhpc/2008-March/000424.html|message]]
 <code>
-> python setup.py build                                                         running build
+> setenv LD_PRELOAD /usr/lib/libmtsk.so
-running build_py
+> wget "http://downloads.sourceforge.net/scipy/scipy-0.5.2.1.tar.gz?modtime=1187640016&big_mirror=0"
-running build_ext
+> tar xzf ../downloads/scipy-0.5.2.1.tar.gz
-building 'PyML/ext/_libsvm' extension
+> cd scipy-0.5.2.1/
-C compiler: /usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG
+> /opt/csw/bin/python setup.py install --prefix=$HOME/lib/blastwave | & tee INSTALL.LOG
-compile options: '-I/usr/include/python2.4 -c'
-pycc: PyML/ext/libsvm.cpp
-cc: No input file specified, no output generated
-cc: No input file specified, no output generated
-error: Command "/usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm.o" failed with exit status 1
 </code>
-c'est parce qu'il utilise pycc au lieu de pyCC!
-<code>
-> /usr/lib/python2.4/pyCC -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm_wrap.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm_wrap.o
-</code>
-il faut aller voir dans les distutils de pynum pour comprendre ce qui se passe?!
 ====== PyStemmer ======
@@ Ligne 141: / Ligne 211: @@
 </code>
+====== PyML ======
+  * problèmes de [[compil_pyml|compilation]]