scipy

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scipy [2008/03/06 09:45] – gerardscipy [2008/10/30 10:09] – gerard
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-====== numpy ======+====== A propos de python ====== 
 +On trouve plusieurs versions de python sur nemo:
  
 +^ origine ^ chemin ^ version ^ PYTHONPATH ^ 32/64 ^
 +| SUNWPython | /usr/bin/python | 2.4.4 | /local/apps/lib/python2.4/site-packages | |
 +| SMCpython | /usr/local/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/smc/lib/python2.5/site-packages | | 
 +| CSWpython | /opt/csw/bin/python | 2.5.1 | /local/apps/csw/lib/python2.5/site-packages | |
 +| sources | /local/apps/bin/python | 2.5.2 | /local/apps/lib/python2.5/site-packages | |
 +
 +
 +===== Compilation de python =====
 +==== 32 bits ====
 +<code>
 +./configure --prefix=/local/apps \
 +CC=cc CXX=CC \
 +CPPFLAGS="-I/usr/sfw/include" \
 +LDFLAGS="-L/usr/sfw/lib -R/usr/sfw/lib"
 +</code>
 +Penser à commenter OPT: dans le Makefile
 +
 +
 +==== 64 bits ====
 +<code>
 +./configure --prefix=/local/apps/64 \
 +CC=cc CXX=CC \
 +CPPFLAGS="-m64 -I/usr/sfw/include" \
 +LDFLAGS="-m64 -L/usr/sfw/lib/64 -R/usr/sfw/lib/64"
 +</code>
 +erreur:
 +<code>
 +"/local/apps/src/Python-2.5.2/./Include/pyport.h", line 761: #error: "LONG_BIT definition appears wrong for platform (bad gcc/glibc config?)."
 +cc: acomp failed for /local/apps/src/Python-2.5.2/Modules/_struct.c
 +
 +</code>
 +voir [[http://mail.python.org/pipermail/python-bugs-list/2007-January/036647.html]]
 +
 +====== numpy ======
 ===== Installation avec Python 2.4 ===== ===== Installation avec Python 2.4 =====
   * [[http://www.scipy.org/Download|numpy-1.0.4.tar.gz]]   * [[http://www.scipy.org/Download|numpy-1.0.4.tar.gz]]
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 </code> </code>
-et enfin:+remove numpy/distutils/fcompiler/sun.py f77compact from the optionlist, et enfin:
 <code> <code>
 > python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG > python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
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 /opt/csw/bin/python -c 'import numpy; numpy.test()' /opt/csw/bin/python -c 'import numpy; numpy.test()'
 </code> </code>
 +
 +===== Installation avec python 2.5.2 =====
 +python a été recompilé à partir des sources:
 +<code>
 +> module load ss12 hpc
 +> setenv PATH /local/apps/lib/bin:/opt/SUNWhpc/bin:/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/local/wrapper/bin:/usr/bin:/usr/bin:/usr/ccs/bin:/usr/sfw/bin
 +> python setup.py install --prefix=$HOME/lib | & tee INSTALL.LOG
  
  
Ligne 155: Ligne 197:
  
  
-====== PyML ====== 
-===== Installation avec python 2.4 ===== 
  
-<code> 
-> cd src/PyML-0.6.15 
-> python setup.py build 
- 
-</code> 
- 
-lorsqu'on a cette erreur: 
-<code> 
-> python setup.py build                                                         running build 
-running build_py 
-running build_ext 
-building 'PyML/ext/_libsvm' extension 
-C compiler: /usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG 
- 
-compile options: '-I/usr/include/python2.4 -c' 
-pycc: PyML/ext/libsvm.cpp 
-cc: No input file specified, no output generated 
-cc: No input file specified, no output generated 
-error: Command "/usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm.o" failed with exit status 1 
- 
-</code> 
-c'est parce qu'il utilise pycc au lieu de pyCC! 
-<code> 
-> /usr/lib/python2.4/pyCC -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm_wrap.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm_wrap.o 
- 
-</code> 
-il faut aller voir dans les distutils de pynum pour comprendre ce qui se passe?! 
- 
-===== Installation avec python 2.5 ===== 
- 
-<code> 
-> cd src/PyML-0.6.15 
-> /opt/csw/bin/python setup.py build 
- 
-</code> 
- 
-lorsqu'on a cette erreur: 
-<code> 
-> python setup.py build                                                         running build 
-running build_py 
-running build_ext 
-building 'PyML/ext/_libsvm' extension 
-C compiler: /usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG 
- 
-compile options: '-I/usr/include/python2.4 -c' 
-pycc: PyML/ext/libsvm.cpp 
-cc: No input file specified, no output generated 
-cc: No input file specified, no output generated 
-error: Command "/usr/lib/python2.4/pycc -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm.o" failed with exit status 1 
- 
-</code> 
-c'est parce qu'il utilise pycc au lieu de pyCC! 
-<code> 
-> /usr/lib/python2.4/pyCC -DNDEBUG -I/usr/include/python2.4 -c PyML/ext/libsvm_wrap.cpp -o build/temp.solaris-2.10-i86pc-2.4/PyML/ext/libsvm_wrap.o 
- 
-</code> 
-il faut aller voir dans les distutils de pynum pour comprendre ce qui se passe?! 
  
 ====== PyStemmer ====== ====== PyStemmer ======
Ligne 228: Ligne 211:
  
 </code> </code>
 +
 +
 +====== PyML ======
 +  * problèmes de [[compil_pyml|compilation]]