Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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sge [2011/11/18 07:10] – gerard | sge [2012/01/11 07:19] – [parallèle] gerard | ||
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Ligne 11: | Ligne 11: | ||
===== les files ===== | ===== les files ===== | ||
+ | * [[http:// | ||
Les machines de calcul sont organisées en __files de travaux__. Le nom des files doit permettre de se faire une idée des caractéristiques de la file, en terme de ressources disponibles (le but étant de partager le maximum de ressources entre chaque utilisateur).\\ | Les machines de calcul sont organisées en __files de travaux__. Le nom des files doit permettre de se faire une idée des caractéristiques de la file, en terme de ressources disponibles (le but étant de partager le maximum de ressources entre chaque utilisateur).\\ | ||
En cas de doute, utiliser la queue " | En cas de doute, utiliser la queue " | ||
- | ^ queue ^ procs ^ memory/ | + | ^ queue ^ procs ^ memory/ |
- | | small | | | | | + | | small | 8 | 3Go | 5 | machine octopus |
- | | big | | | | | + | | big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus |
- | | long | | | | | + | | long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI | |
- | | latp | | | cette [[http:// | + | | latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http:// |
Ligne 26: | Ligne 27: | ||
==== parallèle ==== | ==== parallèle ==== | ||
+ | Voici un exemple de script, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -j y | ||
+ | #$ -M me@cmi.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | # queue Long | ||
+ | #$ -q long | ||
+ | #$ -pe mpi_labo 8 | ||
+ | PATHINIT=$PWD | ||
+ | cd ~/ | ||
+ | cd $PATHINIT | ||
+ | |||
+ | module add mpi/ | ||
+ | pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu | ||
+ | |||
+ | </ | ||
+ | * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe | ||
+ | * dans la commande mpirun (ou son équivalent), | ||
+ | * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -w v ./script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== paramétrique ==== | ||
+ | on veut lancer: | ||
+ | < | ||
+ | monprog 100 | ||
+ | monprog 200 | ||
+ | monprog 400 | ||
+ | ... | ||
+ | </ | ||
+ | Plutôt que d' | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | #$ -N mon_script_parametrique | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | #$ -j y | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -M moi@latp.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | #$ -q small | ||
+ | # | ||
+ | num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1)) | ||
+ | / | ||
+ | </ | ||
+ | et on lance par la commande: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q small -t 1-8 mon_script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | plus d' | ||