Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- sge [2011/11/18 07:41] – [les files] gerard
+++ sge [2012/01/11 07:19] – [parallèle] gerard
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 ===== les files =====
+  * [[http://wikis.sun.com/display/GridEngine/Configuring+Queues]]
 Les machines de calcul sont organisées en __files de travaux__. Le nom des files doit permettre de se faire une idée des caractéristiques de la file, en terme de ressources disponibles (le but étant de partager le maximum de ressources entre chaque utilisateur).\\
 En cas de doute, utiliser la queue "small" par défaut
-^ queue ^ procs ^ memory/procs ^ commentaires ^
+^ queue ^ procs ^ memory/procs ^ slots ^ commentaires ^
-| small | | | |
+| small | 8 | 3Go | 5 | machine octopus |
-| big | 8 | 3Go | machine octopus |
+| big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus
-| long | 8 | 2Go | 2 machines, charybde et scylla |
+| long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI |
-| latp | 32 | 8Go | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
+| latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
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 ==== parallèle ====
+Voici un exemple de script, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long
+<code>
+#!/bin/sh
+#
+#$ -S /bin/sh
+#$ -N "calcul_qsub"
+#$ -j y
+#$ -M me@cmi.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -cwd
+# queue Long
+#$ -q long
+#$ -pe mpi_labo 8
+PATHINIT=$PWD
+cd ~/pelicans/trunksource pel_env_new
+cd $PATHINIT
+module add mpi/sunhpc821c
+pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu
+</code>
+  * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe
+  * dans la commande mpirun (ou son équivalent), ne pas mettre le nombre de procs, mais la varaible $NSLOTS
+  * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant:
+<code>
+qsub -w v ./script.sh
+</code>
+==== paramétrique ====
+on veut lancer:
+<code>
+monprog 100
+monprog 200
+monprog 400
+...
+</code>
+Plutôt que d'ecrire autant de scripts que de valeurs différentes du paramètre, on va utiliser la variable **SGE_TASK_ID**:
+<code>
+#!/bin/sh
+#$ -N mon_script_parametrique
+#$ -cwd
+#$ -j y
+#$ -S /bin/sh
+#$ -M moi@latp.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -q small
+#
+num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1))
+/home/moi/mon_prog $num
+</code>
+et on lance par la commande:
+<code>
+qsub  -q small  -t 1-8 mon_script.sh
+</code>
+plus d'infos, ''man qsub'', option ''-t''