Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- sge [2011/11/18 07:57] – [les files] gerard
+++ sge [2011/11/18 16:06] – [parallèle] gerard
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 ^ queue ^ procs ^ memory/procs ^ slots ^ commentaires ^
 | small | 8 | 3Go | 5 | machine octopus |
-| big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus |
+| big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus
-| long | 8 | 2Go | 6 | 2 machines, charybde et scylla |
+| long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI |
 | latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
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 ==== parallèle ====
+Voici un exemple de script, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long
+<code>
+#!/bin/sh
+#
+#$ -S /bin/sh
+#$ -N "calcul_qsub"
+#$ -j y
+#$ -M me@cmi.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -cwd
+# queue Long
+#$ -q long
+#$ -pe mpi_labo 8
+PATHINIT=$PWD
+cd ~/pelicans/trunksource pel_env_new
+cd $PATHINIT
+module add mpi/sunhpc821c
+pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu
+</code>
+  * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe
+  * dans la commande mpirun (ou son équivalent), ne pas mettre le nombre de procs, mais la varaible $NSLOTS
+  * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant:
+<code>
+qsub -w v ./script.sh
+</code>