Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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sge [2011/11/18 07:57] – [les files] gerard | sge [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
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Ligne 17: | Ligne 17: | ||
^ queue ^ procs ^ memory/ | ^ queue ^ procs ^ memory/ | ||
| small | 8 | 3Go | 5 | machine octopus | | | small | 8 | 3Go | 5 | machine octopus | | ||
- | | big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus | + | | big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus |
- | | long | 8 | 2Go | 6 | 2 machines, charybde et scylla | | + | | long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI | |
- | | latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http:// | + | | latp | 32 | 256Go | 30 | cette [[http:// |
Ligne 25: | Ligne 25: | ||
==== séquentiel ==== | ==== séquentiel ==== | ||
+ | voir [[http:// | ||
==== parallèle ==== | ==== parallèle ==== | ||
+ | Exemple simple sur holopherne (les homedir ne sont pas en réseau): | ||
+ | <code shell> | ||
+ | / | ||
+ | et on lance: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q latp -pe impi 4 -cwd -j y ./ | ||
+ | Your job 18540 (" | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | Voici un autre exemple de script plus complexe, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long (autre serveur avec homedir en réseau) | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | #$ -j y | ||
+ | #$ -M me@cmi.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | # queue Long | ||
+ | #$ -q long | ||
+ | #$ -pe mpi_labo 8 | ||
+ | |||
+ | PATHINIT=$PWD | ||
+ | cd ~/ | ||
+ | cd $PATHINIT | ||
+ | |||
+ | module add mpi/ | ||
+ | pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu | ||
+ | |||
+ | </ | ||
+ | * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe | ||
+ | * dans la commande mpirun (ou son équivalent), | ||
+ | * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -w v ./script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== paramétrique ==== | ||
+ | on veut lancer: | ||
+ | < | ||
+ | monprog 100 | ||
+ | monprog 200 | ||
+ | monprog 400 | ||
+ | ... | ||
+ | </ | ||
+ | Plutôt que d' | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | #$ -N mon_script_parametrique | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | #$ -j y | ||
+ | #$ -S /bin/sh | ||
+ | #$ -M moi@latp.univ-mrs.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | #$ -q small | ||
+ | # | ||
+ | num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1)) | ||
+ | / | ||
+ | </ | ||
+ | et on lance par la commande: | ||
+ | < | ||
+ | qsub -q small -t 1-8 mon_script.sh | ||
+ | </ | ||
+ | plus d' | ||
+ | avec un script matlab, il vaut mieux utiliser une fonction de matlab | ||
+ | < | ||
+ | #!/bin/bash | ||
+ | # | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | #$ -S /bin/bash | ||
+ | #$ -N " | ||
+ | ##$ -o output | ||
+ | ##$ -e output | ||
+ | #$ -M gerard.henry@univ-amu.fr | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | # | ||
+ | . / | ||
+ | module purge matlab | ||
+ | module load matlab/8.1 | ||
+ | matlab -nodesktop -nosplash -r " | ||
+ | </ | ||
+ | le fichier params.m contenant le code: | ||
+ | < | ||
+ | if ~exist(' | ||
+ | FB.param.NbIt = 10; | ||
+ | else | ||
+ | FB.param.NbIt = FB_NbIt; | ||
+ | end | ||
+ | </ | ||
====== modifier les propriétes de la queue de soumission ====== | ====== modifier les propriétes de la queue de soumission ====== |