Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- sge [2011/11/18 15:47] – [les files] gerard
+++ sge [2012/04/01 07:48] – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 25: / Ligne 25: @@
 ==== séquentiel ====
+voir [[http://sites.univ-provence.fr/~iusti/doku.php?id=sge#script_d_un_code_sequentiel]]
 ==== parallèle ====
+Voici un exemple de script, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long
+<code>
+#!/bin/sh
+#
+#$ -S /bin/sh
+#$ -N "calcul_qsub"
+#$ -j y
+#$ -M me@cmi.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -cwd
+# queue Long
+#$ -q long
+#$ -pe mpi_labo 8
+PATHINIT=$PWD
+cd ~/pelicans/trunksource pel_env_new
+cd $PATHINIT
+module add mpi/sunhpc821c
+pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu
+</code>
+  * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe
+  * dans la commande mpirun (ou son équivalent), ne pas mettre le nombre de procs, mais la varaible $NSLOTS
+  * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant:
+<code>
+qsub -w v ./script.sh
+</code>
+==== paramétrique ====
+on veut lancer:
+<code>
+monprog 100
+monprog 200
+monprog 400
+...
+</code>
+Plutôt que d'ecrire autant de scripts que de valeurs différentes du paramètre, on va utiliser la variable **SGE_TASK_ID**:
+<code>
+#!/bin/sh
+#$ -N mon_script_parametrique
+#$ -cwd
+#$ -j y
+#$ -S /bin/sh
+#$ -M moi@latp.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -q small
+#
+num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1))
+/home/moi/mon_prog $num
+</code>
+et on lance par la commande:
+<code>
+qsub  -q small  -t 1-8 mon_script.sh
+</code>
+plus d'infos, ''man qsub'', option ''-t''