Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- dune [2010/11/10 14:47] – gerard
+++ dune [2017/08/25 07:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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   * [[http://dune.mathematik.uni-freiburg.de/download.html]]
   * [[http://www.dune-project.org/doc/installation-notes.html]]
+====== recompilation de solver-bench sur judith (CentOS7) ======
+dune sur judith, ne pas oublier:
+<code>
+[root@judith ~]# yum groupinstall 'Development Tools'
+</code>
+  * dans /local/apps/src/dune
+  * dernière version du solver-bench: 0.70
+  * a besoin de : (voir config.log)
+<code>
+--with-umfpack=/local/apps/src/dune/UMFPACK
+--with-petsc=/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5
+--with-dune-istl=/local/apps/src/dune/Dune
+--with-slepc=/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt
+</code>
+si on essaie de recompiler UMFPACK en utilisant le script de RK: ./umfpack_installer.sh
+<code>
+./umfpack_simple: error while loading shared libraries: libgfortran.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
+</code>
+et:
+<code>
+[root@judith ~]# yum provides "*/libgfortran.so.1"
+compat-libgfortran-41-4.1.2-44.el7.i686 : Compatibility Fortran 95 runtime
+                                        : library version 4.1.2
+Repo        : base
+Matched from:
+Filename    : /usr/lib/libgfortran.so.1
+</code>
+on installe cette lib:
+<code>
+[root@judith ~]# yum install compat-libgfortran-41-4.1.2-44.el7
+</code>
+et on lance l'install, voir umfpack_installer.LOG, qui montre plein de différences sur les résultats obtenus, est ce que c'est génant?
+\\
+autre erreur, le do_work.sh ne passe pas à cause du compilo fortran qui n'accepte plus le -R alors qu'avant, il signalait juste l'erreur mais créeait quand même l'exécutable. On enlève le -R de LD_FLAGS
+et ça passe:
+<code>
+Found the following Dune-components:
+----------------------------------------
+dune-common.............: yes (/local/apps/src/dune/Dune) version 2.0
+dune-istl...............: yes (/local/apps/src/dune/Dune) version 2.0
+BLAS....................: yes
+METIS...................: no
+MPI.....................: no
+PETSC...................: yes (/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5)
+ParMETIS................: no
+SLEPC...................: yes (/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt)
+SuperLU-DIST............: no
+SuperLU.................: no
+UMFPACK.................: yes
+</code>
+ensuite, on lance le make
+\\
+autre erreur:
+<code>
+/local/apps/src/dune/Dune/include/dune/common/nullptr.hh:25:24: error: conflicting declaration ‘typedef class dune_nullptr_t nullptr_t’
+ typedef dune_nullptr_t nullptr_t;
+                        ^
+In file included from /local/apps/src/dune/UMFPACK/AMD/Include/amd.h:45:0,
+                 from /local/apps/src/dune/UMFPACK/UMFPACK/Include/umfpack.h:91,
+                 from umfpack.hh:34,
+                 from mymatrix.hh:78,
+                 from benchmarkruntime.cc:35:
+/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.2/include/stddef.h:432:29: error: ‘nullptr_t’ has a previous declaration as ‘typedefstd::nullptr_t nullptr_t’
+   typedef decltype(nullptr) nullptr_t;
+</code>                             ^
+<del>on va essayer de commenter le typedef dans /local/apps/src/dune/Dune/include/dune/common/nullptr.hh</del> on va ajouter -DHAVE_NULLPTR au compilo
+ça passe, mais il y a un autre problème à l'édition de liens du à petsc qui n'a pas été recompilé
+on essaie de recompiler petsc, et RK a fourni le script
+install_petsc_slepc.sh avec all comme argument
+ça passe toujours pas, on essaie autrement (voir wiki)
+<code>
+bash-4.2$ export PETSC_DIR=$PWD
+bash-4.2$ ./config/configure.py --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-mpi=0
+...
+Compilers:
+  C Compiler:         gcc  -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -g3
+  Fortran Compiler:   gfortran  -Wall -Wno-unused-variable -g
+Linkers:
+  Static linker:   /bin/ar cr
+  Dynamic linker:   /bin/ar
+X11:
+  Includes:
+  Library:  -lX11
+BLAS/LAPACK: -llapack -lblas
+PETSc:
+  PETSC_ARCH: linux-gnu-c-debug
+  PETSC_DIR: /local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5
+  Clanguage: C
+  Scalar type: real
+  Precision: double
+  Memory alignment: 16
+  shared libraries: disabled
+  dynamic libraries: disabled
+xxx=========================================================================xxx
+   Configure stage complete. Now build PETSc libraries with:
+   make PETSC_DIR=/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug all
+xxx=========================================================================xxx
+</code>
+il faut aussi ajouter la lib mpi et
+Different compiler and linker combinations require different flags. -R works for many GNU compiler and linker combinations, but not all compilers and linkers. In some cases, you may have to instead tell the compiler to pass the -rpath flag to the linker. One typical way to do this is with -Wl,-rpath,/usr/local/lib.
+dans LD_FLAGS dans do_work.sh
+pour compiler solver-bench, il a fallu aussi lancer certaines lignes du makefile à la main, ce qui est passé alors que depuis le makefile non
+<code>
+libtool: link: gfortran -g -O2 -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib --tag=CXX -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib -o fortrantest example_F.o writexdr.o -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib  -L/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5/linux-gnu-c-opt/lib -L/usr/lib64/openmpi/lib -L/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt/lib -L/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5/lib -L/local/apps/src/dune/UMFPACK/UMFPACK/Lib -L/local/apps/src/dune/UMFPACK/AMD/Lib -L/local/apps/src/dune/Dune/lib -lslepc -lpetsc /local/apps/src/dune/Dune/lib/libdunecommon.a -lumfpack -lamd -lm -lmpi -llapack -lblas
+gfortran: error: unrecognized command line option '--tag=CXX'
+make[2]: *** [fortrantest] Error 1
+make[2]: Leaving directory `/local/apps/src/dune/solver-bench-0.70/examples'
+</code>
+il faut aller dans le Makefile du dossier examples/ et virer --tag=CXX des lignes LD...., avec la nouvelle verson du compilo gfortran ça passe sans problème
+on vérifie sur un des benches:
+<code>
+---------------------------------------------------------
+RESULTS for `LS-FVM_test1_dkershaw16.xdr'
+---------------------------------------------------------
+Contributor and scheme: LS-FVM
+Test: 1
+Mesh: dkershaw16
+---------------------------------------------------------
+Problem size:
+) unknowns:                   4096
+) non-zero Matrix entries:    97336
+) entries in blocks of size:  1
+Solver + Preconditioner: ISTL-CG + ILU (0) (relax. 1)
+Reduction to achieve: 1e-10
+Number of iterations: 409601
+Residual : || b - Ax ||_inf                = 2.04981
+rel. Res.: || b - Ax ||_inf / || b ||_inf  = 2.32316
+Computed eigenvalues values: lambda_max = -11.2098, lambda_min = -0.00820027
+Estimated condition number:  lambda_max/lambda_min = 1367
+CPU time to solve in seconds: 101.545
+Memory used in MB: 4.74609 (program internal)
+Memory used in MB: 7.9375 (rusage.ru_maxrss)
+---------------------------------------------------------
+</code>
+à comparer avec [[http://solqual.latp.univ-provence.fr/ref_bench/a5fe7a76a75737a80d2c42e7d64b68e3/]], qui montre qu'on a gagné un facteur 3!
+| CPU time to solve in seconds| 369.315 | 101.545 |
 ====== installation sur octopus ======
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 ====== installer une nouvelle version de solver-bench ======
+  * dans ''/local/apps/src/dune''
   * déplacer l'ancienne version
   * récuperer le fichier do_work.sh
@@ Ligne 126: / Ligne 270: @@
 ===== nouvelle version de solver-bench (0.45) plus slepc =====
-<note>L'exemple ci-dessous est avec le mode debug, voir les fichiers do_work.sh pour le ode optimisé</note>
+<note>L'exemple ci-dessous est avec le mode debug, voir les fichiers do_work.sh pour le code optimisé</note>
 <code>
@@ Ligne 136: / Ligne 280: @@
 bash-3.2$ export PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug
 bash-3.2$ export SLEPC_DIR=/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4
+bash-4.2$ cd ../slepc-3.1-p4
 bash-3.2$ ./configure
 bash-3.2$ make