Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- mpi [2008/06/26 10:10] – gerard
+++ mpi [2017/08/25 07:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
+====== Utilisation de MPI ======
+connaître l'environnmeent (sur octopus):
+<code>
+module avail mpi
-====== HPC Cluster Tools 6 ======
+-------------------- /local/apps/Modules/3.2.6/modulefiles ---------------------
+mpi/openmpi144 mpi/sunhpc8    mpi/sunhpc82   mpi/sunhpc821c
+</code>
+====== Différentes versions ======
+===== OpenMPI =====
+  * [[http://www.open-mpi.org]]
+  * [[openmpi_compilation|compilation]]
+===== HPC Cluster Tools 8 (OpenMPI) =====
+juin 09 ''Sun HPC ClusterTools 8.2 is based on the Open MPI 1.3.3 release.''
+  * [[http://docs.sun.com/app/docs/prod/hpc.cluster82?l=en&a=view|doc]]
+<code>
+module load hpc82
+</code>
+ou
+<code>
+module load sunhpc
+</code>
+===== HPC Cluster Tools 6 =====
@@ Ligne 8: / Ligne 38: @@
-ajouter /opt/SUNWhpc/bin dans le PATH
+ajouter /opt/SUNWhpc/bin dans le PATH (ou utiliser plutôt la commande module)
+<code>
+module load hpc
+</code>
-[[http://www.latp.univ-mrs.fr/vfcc/doku.php?id=execution_des_programmes|Utilisation]]
+===== MPICH =====
+sur nemo, slatp, shrek
+.2.6, 1.2.7p1, 1.2.7.p1
+bits et  64 bits
+[[http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/]]
+/usr/local/mpich-1.2.6
+/usr/local/mpich-1.2.6-new
+/usr/local/mpich-1.2.7p1
+====== Tests MPI ======
+avec MPICH 1.2.6 installé dans /usr/local. Penser à mettre à jour le PATH
-====== HPC Cluster Tools 7 ======
-Annonce:
 <code>
-The ClusterTools 7 (CT7) Revenue Release is now available at http://www.sun.com/software/products/clustertools/ct7.html
+nemo-henry% setenv PATH /usr/local/mpich-1.2.6/bin:${PATH}
-The CT7 user documentation is available at http://www.sun.com/products-n-solutions/hardware/docs/Software/Sun_HPC_ClusterTools_Software/
-The CT7 software is a set of MPI libraries and tools for launching
+nemo-henry% pwd
-parallel MPI jobs on Solaris (Sparc and x64).  CT7 includes support for
+/local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution
-IB networks via a uDAPL Byte-Transfer Layer (BTL) and support for
+nemo-henry% make
-launching jobs with  N1 Grid Engine (N1GE).  Other interconnects
+mpirun -np 8 ./CommSplit
-supported are TCP, shared memory, and Myrinet MX.
+Rang :  0 ; Coordonnees : (0,0) ; W = 1.
+Rang :  3 ; Coordonnees : (1,1) ; W = 2.
+Rang :  1 ; Coordonnees : (0,1) ; W = 1.
+Rang :  4 ; Coordonnees : (2,0) ; W = 3.
+Rang :  2 ; Coordonnees : (1,0) ; W = 2.
+Rang :  6 ; Coordonnees : (3,0) ; W = 4.
+Rang :  5 ; Coordonnees : (2,1) ; W = 3.
+Rang :  7 ; Coordonnees : (3,1) ; W = 4.
-CT7 is the first Sun release based on the Open MPI open source
-software.  More information about Open MPI can be found at http://www.open-mpi.org
 </code>
+Remarque:
+  * on utilise la version 32 bits de MPICH (pour la [[version 64 bits]])
+<code>
+nemo-henry% file /local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution/CommSplit
+/local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution/CommSplit:  ELF 32-bit LSB executable 80386 Version 1 [FPU], dynamically linked, not stripped
+</code>
+  * la configuration de MPICH est dans le fichier /usr/local/mpich-1.2.6/share/machines.solaris86
+====== Tests PETSC ======
+===== petsc-3.1-p8 =====
+sur octopus, faire:
+<code>
+module load sunhpc petsc3.1_p8_hpc8
+</code>
+  * récupérer l'{{:petsc:petsc3.1_example.tar|exemple}} (fourni par Yann Jobic de l'IUSTI)
+  * puis lancer la compilation et l'exécution:
+<code>
+make -f Makefile_petsc3.1 solv_ksp
+mpirun -np 2 ./solv_ksp -mat_type mpiaij -pc_type lu -pc_factor_mat_solver_package mumps -nx 1000 -ny 1000 -debug 0
+</code>
+===== petsc-2.3.0 =====
+<code>
+nemo-henry% setenv PATH /opt/SUNWspro/bin:${PATH}
+nemo-henry% pwd
+/local/henry/tests/petsc/test
+nemo-henry% cc -KPIC -g -xtarget=opteron -o ex1 ex1.c \
+  -R/usr/local/mpich-1.2.6/lib \
+  -L/usr/local/mpich-1.2.6/lib \
+  -I/usr/local/mpich-1.2.6/include \
+  -lmpich \
+  -R/local/henry/petsc-2.3.0-debug/lib/solaris-amd64-32 \
+  -L/local/henry/petsc-2.3.0-debug/lib/solaris-amd64-32 \
+  -I/local/henry/petsc-2.3.0-debug/include \
+  -I/local/henry/petsc-2.3.0-debug/bmake/solaris-amd64-32 \
+  -lpetscvec -lpetsc \
+  -xlic_lib=sunperf
+nemo-henry% mpirun -np 4 ex1
+Vector length 20
+Vector length 20 40 60
+All other values should be near zero
+VecScale 0
+VecCopy  0
+VecAXPY 0
+VecAYPX 0
+VecSwap  0
+VecSwap  0
+VecWAXPY 0
+VecPointwiseMult 0
+VecPointwiseDivide 0
+VecMAXPY 0 0 0
+</code>
+====== Utilisation de (Sun) MPI (HPC6.0) ======
+===== Aide =====
+Sun HPC est une implémentation de MPI 1 et 2 par Sun. Il semble aujourd'hui que Sun se rallie à OpenMPI, en fournissant [[http://www.sun.com/software/products/clustertools/ct7.html|HPC7.0]]
+Lorsqu'on utilise ces produits, on peut trouver de la documentation et du support communautaire:
+  * [[http://mailman.rwth-aachen.de/mailman/listinfo/sunhpc|SunHPC mailing list]]
+  * [[http://www.sun.com/products-n-solutions/hardware/docs/Software/Sun_HPC_ClusterTools_Software|Documentation]]
+  * [[http://www.sun.com/secure/software/clustertools/forms/index.xml|Technical Support]]
+===== mode batch =====
+<code>
+         at -m now
+         mprun -np <nb-proc> <executable> <parametre executable>
+</code>
+  * on fait : "mpps -Ae" pour vérifier que le job est bien parti
+===== Commandes utiles pour lancer des jobs =====
+^Commande 	        ^Action ^
+|mpps -Ae 	        |Liste les process parallèles de toutes les machines parallèles|
+|mpps -Aep 	        |Liste les process parallèles de toutes les machines parallèles, mais avec le nom des noeuds utilisés|
+|mpkill cre.xxxx 	|A faire sur le serveur HPC où tourne le job : arrête le programme|
+|mpkill -KILL cre.xxxx 	|id. |
+|mpkill -C jobid 	|Uniquement root peut faire cette commande.|
+====== Debugger TotalView ======
+Installé sur nemo, c'est une version beta, expire le 25 juin 06.
+Pour le lancer, taper simplement: totalview
+La documentation est ici:[[http://www.etnus.com/Documentation/|Etnus]]