nonmem

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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nonmem [2009/06/24 10:35] – gerardnonmem [2017/08/25 07:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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-NONMEM+====== NONMEM ====== 
 +  * license 1506 expire 29 oct 08 
 +  * produit [[http://www.iconplc.com/technology/products/nonmem/]] 
 +  * support: [[http://www.icondevsolutions.com/techsupport.htm]] 
 +  *  
 +  * [[http://www.cognigencorp.com/index.php/cognigen/resources_nonmem|discussions]] 
 + 
 +===== installation sur octopus (linux + sunstudio) ===== 
 + __nettoyage__  
 +<code> 
 +[devel1@octopus ~/nmvi]$ rm nm/*.f pr/PRED.f tr/*.f tl/PK.f 
 +[devel1@octopus ~/nmvi]$ find . -name '*.exe' -exec rm {} \; 
 +[devel1@octopus ~/nmvi]$ find . -name '*.o' -exec rm {} \; 
 +</code> 
 + 
 +__compilation__ 
 +<code> 
 +[devel1@octopus ~/nmvi]$ ./SETUP /local/apps/nmvi f77 ' -g ' /usr/bin/ar intel  
 + 
 +</code> 
 +seule l'option -g donne un résultat pour l'instant 
 + 
 +__test__ 
 +<code> 
 +[devel1@octopus run]$ ./nmfe6 CONTROL5 REPORT5 
 +   
 + WARNINGS AND ERRORS (IF ANY) FOR PROBLEM    1 
 +              
 + (WARNING  2) NM-TRAN INFERS THAT THE DATA ARE POPULATION. 
 +              
 + (WARNING  43) THE $PK BLOCK REQUESTS "CALL ONCE PER INDIVIDUAL RECORD", BUT 
 + DATA ITEMS ARE USED IN THE $PK BLOCK. VALUES OF THESE DATA ITEMS 
 + SUBSEQUENT TO THOSE FROM THE FIRST EVENT RECORD WILL BE IGNORED.  IF THIS 
 + IS NOT APPROPRIATE, THE CALL DATA ITEM CAN BE USED TO OBTAIN ADDITIONAL 
 + CALLS, OR $PK'S CALLING PROTOCOL SHOULD BE CHANGED. 
 +Starting nonmem execution ... 
 + 
 +</code> 
 + 
 +===== installation ===== 
  
 <code> <code>
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 </code> </code>
 +
 +
  
  
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 > pwd > pwd
 /local/apps/nmvi /local/apps/nmvi
->  find . \( -name '*.o' -o -name '*.exe' -o -name nmfe6 \) -exec rm {} \; +>  \rm -rf pr tl nm tr util run
 > ./SETUP /local/apps/nmvi f77 ' -g -fnonstd ' /usr/ccs/bin/ar > ./SETUP /local/apps/nmvi f77 ' -g -fnonstd ' /usr/ccs/bin/ar
 </code> </code>
-ou aussi: +ou aussi: ''-g -C -stackvar -fpover -ftrap=%none -Xlist -u'' 
--g -C -stackvar -fpover -ftrap=%none -Xlist -u+ 
 +directement lancer le debugger: 
 +<code> 
 +> dbx nonmem 
 +For information about new features see `help changes' 
 +To remove this message, put `dbxenv suppress_startup_message 7.6' in your .dbxrc 
 +Reading nonmem 
 +Reading ld.so.1 
 +Reading libfui.so.2 
 +Reading libfsu.so.1 
 +Reading libsunmath.so.1 
 +Reading libmtsk.so.1 
 +Reading libm.so.2 
 +Reading libc.so.1 
 +Reading libm.so.1 
 +Reading libdl.so.1 
 +Reading libthread.so.1 
 +Reading libpthread.so.1 
 +(dbx) list CELS.f 
 +    1   C THE NONMEM SYSTEM MAY BE DISTRIBUTED ONLY BY GLOBOMAX, LLC. 
 +(dbx) stop at 103 
 +(2) stop at "CELS.f":103 
 +(dbx) run < FCON > REPORT5  
 +<code> 
 +t@1 (l@1) program terminated by signal FPE (invalid floating point operation) 
 +Current function is cels 
 +  103         IF (ICAT.NE.0.AND.CTLW.GE.CTUP) THEN 
 +(dbx) where 
 +current thread: t@1 
 +=>[1] cels(cnt = 0.0, p1 = ARRAY, p2 = ARRAY, ier1 = 0, ier2 = 0), line 103 in "CELS.f" 
 +  [2] ncontr(cnt = 0.0, ier1 = 0, ier2 = 0, l2r = 0), line 329 in "NCONTR.f" 
 +  [3] obj(o = -NaN.0), line 1636 in "OBJ.f" 
 +  [4] zxmin1(funct = 0x80e8c10, nsig = 3, maxfn = 450, jopt = 0, w = ARRAY, opint = 5), line 222 in "ZXMIN1.f" 
 +  [5] estim(ier = 0), line 156 in "ESTIM.f" 
 +  [6] MAIN(), line 45 in "NONMEM.f" 
 +</code> 
 + 
 +et : 
 +<code> 
 +(dbx) print ICAT 
 +icat = 3 
 +(dbx) print CTLW 
 +ctlw = NaN 
 +(dbx) print CTUP 
 +ctup = -NaN.0 
 +</code> 
  
-====== la compilation ======+it seems to be related with something in COMMON, after many tries, i noticed that before calling  ZXMIN1, CX has a valid value, and just the program enters in ZXMIN1, CX=-Nan !?
  
 +Le problème est réglé après un échange de mails avec une personne de Globomax, il faut récupérer le ficiher PRNT.f et lancer la commande:
 <code> <code>
-nemo-henry% pfexec ptree 9313 +./SETUP /local/apps/nmvi f95 ' -g ' /usr/xpg4/bin/ar intel y 
-580   /usr/lib/ssh/sshd +
-  9001  /usr/lib/ssh/sshd +
-    9008  /usr/lib/ssh/sshd +
-      9010  -tcsh +
-        9154  /bin/csh ./SETUP +
-          9313  /opt/studio12/SUNWspro/bin/f90 -f77 -ftrap=%none -O -c ABSORT.f +
-            9978  /opt/studio12/SUNWspro/prod/bin/ube -iropt -fstore -O3 -fbe / +
-nemo-henry% pfexec ptree 9313 +
-580   /usr/lib/ssh/sshd +
-  9001  /usr/lib/ssh/sshd +
-    9008  /usr/lib/ssh/sshd +
-      9010  -tcsh +
-        9154  /bin/csh ./SETUP +
-          9313  /opt/studio12/SUNWspro/bin/f90 -f77 -ftrap=%none -O -c ABSORT.f +
-            10061 /opt/studio12/SUNWspro/prod/bin/f90comp -y-ir -y/tmp/f90comp. +
-nemo-henry% pargs 9313 +
-pargs: cannot examine 9313: permission denied +
-nemo-henry% pfexec !! +
-pfexec pargs 9313 +
-9313:   /opt/studio12/SUNWspro/bin/f90 -f77 -ftrap=%none -O -c ABSORT.f ANG.f BEGIN.f B +
-argv[0]: f90 +
-argv[1]: -f77 +
-argv[2]: -ftrap=%none +
-argv[3]: -O +
-argv[4]: -c +
-argv[5]: ABSORT.f +
-argv[6]: ANG.f +
-argv[7]: BEGIN.f +
-argv[8]: BLKDAT.f +
-argv[9]: CCONTR.f +
-argv[10]: CD.f +
-argv[11]: CELS.f +
-argv[12]: CELST.f +
-argv[13]: CFILES.f +
-argv[14]: CH.f +
-argv[15]: CHKPAR.f +
-argv[16]: CHOL.f +
-argv[17]: CHSQ.f +
-argv[18]: CKPRDE.f +
-argv[19]: CLIK.f +
-argv[20]: CN.f +
-argv[21]: CN1.f +
-argv[22]: CN2.f +
-argv[23]: COMGRD.f +
-argv[24]: COMM.f +
-argv[25]: COMMRG.f +
-argv[26]: COMPR.f +
-argv[27]: CONS.f +
-argv[28]: CONTR.f +
-argv[29]: COVR.f +
-argv[30]: CRIT.f +
-argv[31]: CUMCHI.f +
-argv[32]: DAT1.f +
-argv[33]: DAT11.f +
-argv[34]: DAT15.f +
-argv[35]: DAT16.f +
-argv[36]: DAT2.f +
-argv[37]: DAT3.f +
-argv[38]: DAT4.f +
-argv[39]: DAT5.f +
-argv[40]: DAT6.f +
-argv[41]: DAT7.f +
-argv[42]: DAT8.f +
-argv[43]: DECN.f +
-argv[44]: DECN0.f +
-argv[45]: DECN1.f +
-argv[46]: DENN.f +
-argv[47]: DER2.f +
-argv[48]: DSCL.f +
-argv[49]: EHOBKS.f +
-argv[50]: EHOUSS.f +
-argv[51]: EIGRS1.f +
-argv[52]: ELM.f +
-argv[53]: ELS.f +
-argv[54]: ELST.f +
-argv[55]: EQRT21.f +
-argv[56]: ESTIM.f +
-argv[57]: EVAL.f +
-argv[58]: EXCMPT.f +
-argv[59]: FILES.f +
-argv[60]: FINAL.f +
-argv[61]: FLU.f +
-argv[62]: FNLETA.f +
-argv[63]: FNLMOD.f +
-argv[64]: FUNCA.f +
-argv[65]: FUNCB.f +
-argv[66]: FUNCC.f +
-argv[67]: GAMMLN.f +
-argv[68]: GAMMP.f +
-argv[69]: GAMMQ.f +
-argv[70]: GETETA.f +
-argv[71]: GRID.f +
-argv[72]: HDPRNT.f +
-argv[73]: INE.f +
-argv[74]: INEST.f +
-argv[75]: INITL.f +
-argv[76]: INLETA.f +
-argv[77]: INLOBE.f +
-argv[78]: INLOBJ.f +
-argv[79]: INPT.f +
-argv[80]: INTR.f +
-argv[81]: INV.f +
-argv[82]: JQS.f +
-argv[83]: JQS1.f +
-argv[84]: JQS2.f +
-argv[85]: LEQ1S.f +
-argv[86]: LEQ2S.f +
-argv[87]: LEQT2F.f +
-argv[88]: LIK.f +
-argv[89]: LIMS.f +
-argv[90]: LINV1P.f +
-argv[91]: LINV2F.f +
-argv[92]: LNGTH.f +
-argv[93]: LPHITL.f +
-argv[94]: LPSDOR.f +
-argv[95]: LSVAL1.f +
-argv[96]: LSVALR.f +
-argv[97]: LUDATF.f +
-argv[98]: LUDATN.f +
-argv[99]: LUDECP.f +
-argv[100]: LUELMF.f +
-argv[101]: LUELMN.f +
-argv[102]: LUELMP.f +
-argv[103]: LUREFF.f +
-argv[104]: MIX.f +
-argv[105]: MULT.f +
-argv[106]: NCONTR.f +
-argv[107]: NONMEM.f +
-argv[108]: NORAN.f +
-argv[109]: NP.f +
-argv[110]: NP4F.f +
-argv[111]: NWPRI.f +
-argv[112]: OBETA.f +
-argv[113]: OBETA2.f +
-argv[114]: OBJ.f +
-argv[115]: OBJ2.f +
-argv[116]: OBJ3.f +
-argv[117]: OBPRB.f +
-argv[118]: OFILES.f +
-argv[119]: ORTHOG.f +
-argv[120]: OS.f +
-argv[121]: OUTEST.f +
-argv[122]: OUTPT.f +
-argv[123]: PASS.f +
-argv[124]: PERCHI.f +
-argv[125]: PHI.f +
-argv[126]: PHITL.f +
-argv[127]: PRIOR.f +
-argv[128]: PRNT.f +
-argv[129]: PRNT1.f +
-argv[130]: PRNT2.f +
-argv[131]: PRNT3.f +
-argv[132]: PRNT4.f +
-argv[133]: PRNT5.f +
-argv[134]: PRNTI.f +
-argv[135]: PRNTW.f +
-argv[136]: PRRES.f +
-argv[137]: PSD.f +
-argv[138]: RANDOM.f +
-argv[139]: RD.f +
-argv[140]: REPODT.f +
-argv[141]: RESCL.f +
-argv[142]: RESCN.f +
-argv[143]: RESDCN.f +
-argv[144]: RMATX.f +
-argv[145]: ROOT.f +
-argv[146]: RSCN.f +
-argv[147]: RSDCN.f +
-argv[148]: SAV10.f +
-argv[149]: SAV25.f +
-argv[150]: SCAL.f +
-argv[151]: SCATER.f +
-argv[152]: SECORR.f +
-argv[153]: SIMEPS.f +
-argv[154]: SIMETA.f +
-argv[155]: SIML.f +
-argv[156]: SINPT.f +
-argv[157]: SMATX.f +
-argv[158]: SORT.f +
-argv[159]: SPTWO.f +
-argv[160]: STCHAR.f +
-argv[161]: SUPER.f +
-argv[162]: SUPP.f +
-argv[163]: TNPRI.f +
-argv[164]: UD.f +
-argv[165]: UNCONS.f +
-argv[166]: UNRAN.f +
-argv[167]: USMETA.f +
-argv[168]: USWLFI.f +
-argv[169]: USWLFM.f +
-argv[170]: USWLSI.f +
-argv[171]: USWLSM.f +
-argv[172]: USWTFM.f +
-argv[173]: UV.f +
-argv[174]: VCVTFS.f +
-argv[175]: VSORTM.f +
-argv[176]: VSORTP.f +
-argv[177]: VSORTZ.f +
-argv[178]: WSWLSM.f +
-argv[179]: ZSRCH.f +
-argv[180]: ZXMIN1.f +
-argv[181]: ZXMIN2.f +
-argv[182]: ZXMJN.f+
 </code> </code>
  • nonmem.1245839741.txt.gz
  • Dernière modification : 2017/08/25 07:55
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