Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- sge [2011/11/18 14:47] – [les files] gerard
+++ sge [2017/08/25 07:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 | big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus
 | long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI |
-| latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
+| latp | 32 | 256Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
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 ==== séquentiel ====
+voir [[http://sites.univ-provence.fr/~iusti/doku.php?id=sge#script_d_un_code_sequentiel]]
 ==== parallèle ====
+Exemple simple sur holopherne (les homedir ne sont pas en réseau):
+<code shell>
+/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun -np $NSLOTS /usr/bin/hostname</code>
+et on lance:
+<code>
+qsub -q latp -pe impi 4 -cwd -j y ./exemple2.sh
+Your job 18540 ("exemple2.sh") has been submitted
+</code>
+Voici un autre exemple de script plus complexe, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long (autre serveur avec homedir en réseau)
+<code>
+#!/bin/sh
+#
+#$ -S /bin/sh
+#$ -N "calcul_qsub"
+#$ -j y
+#$ -M me@cmi.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -cwd
+# queue Long
+#$ -q long
+#$ -pe mpi_labo 8
+PATHINIT=$PWD
+cd ~/pelicans/trunksource pel_env_new
+cd $PATHINIT
+module add mpi/sunhpc821c
+pel run -np $NSLOTS $EXE0 data.pel resu
+</code>
+  * on peut mettre moins que 8 pour la ligne -pe
+  * dans la commande mpirun (ou son équivalent), ne pas mettre le nombre de procs, mais la varaible $NSLOTS
+  * on peut tester si la soumission sera acceptée, en tapant:
+<code>
+qsub -w v ./script.sh
+</code>
+==== paramétrique ====
+on veut lancer:
+<Code>
+monprog 100
+monprog 200
+monprog 400
+...
+</Code>
+Plutôt que d'ecrire autant de scripts que de valeurs différentes du paramètre, on va utiliser la variable **SGE_TASK_ID**:
+<Code>
+#!/bin/sh
+#$ -N mon_script_parametrique
+#$ -cwd
+#$ -j y
+#$ -S /bin/sh
+#$ -M moi@latp.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+#$ -q small
+#
+num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1))
+/home/moi/mon_prog $num
+</Code>
+et on lance par la commande:
+<Code>
+qsub  -q small  -t 1-8 mon_script.sh
+</Code>
+plus d'infos, ''man qsub'', option ''-t''
+avec un script matlab, il vaut mieux utiliser une fonction de matlab
+<Code>
+#!/bin/bash
+#
+#$ -cwd
+#$ -S /bin/bash
+#$ -N "optimisme_FB"
+##$ -o output
+##$ -e output
+#$ -M gerard.henry@univ-amu.fr
+#$ -m be
+#
+. /etc/profile.d/modules.sh
+module purge matlab
+module load matlab/8.1
+matlab -nodesktop -nosplash -r "FB_NbIt = str2num( getenv('SGE_TASK_ID') ); addpath(genpath('../Toolbox_optimism/'));params;exit"
+</Code>
+le fichier params.m contenant le code:
+<Code>
+if ~exist('FB_NbIt','var')
+  FB.param.NbIt = 10;
+else
+  FB.param.NbIt = FB_NbIt;
+end
+</Code>
 ====== modifier les propriétes de la queue de soumission ======