Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- sge [2012/04/01 05:48] – modification externe 127.0.0.1
+++ sge [2017/08/25 07:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 19: / Ligne 19: @@
 | big | 8 | 3Go | 1 | machine octopus
 | long | 8 | 2Go | 8 | 2 machines, charybde et scylla, à réserver au parallèle MPI |
-| latp | 32 | 8Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
+| latp | 32 | 256Go | 30 | cette [[http://mmg.cnrs-mrs.fr/doku.php?id=bullx_reservation|queue]] est soumise à restriction |
@@ Ligne 27: / Ligne 27: @@
 voir [[http://sites.univ-provence.fr/~iusti/doku.php?id=sge#script_d_un_code_sequentiel]]
 ==== parallèle ====
-Voici un exemple de script, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long
+Exemple simple sur holopherne (les homedir ne sont pas en réseau):
+<code shell>
+/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun -np $NSLOTS /usr/bin/hostname</code>
+et on lance:
+<code>
+qsub -q latp -pe impi 4 -cwd -j y ./exemple2.sh
+Your job 18540 ("exemple2.sh") has been submitted
+</code>
+Voici un autre exemple de script plus complexe, pour lancer un job parallèle (limité à 8 instances) sur la queue long (autre serveur avec homedir en réseau)
 <code>
 #!/bin/sh
@@ Ligne 58: / Ligne 68: @@
 ==== paramétrique ====
 on veut lancer:
-<code>
+<Code>
 monprog 100
 monprog 200
 monprog 400
 ...
-</code>
+</Code>
 Plutôt que d'ecrire autant de scripts que de valeurs différentes du paramètre, on va utiliser la variable **SGE_TASK_ID**:
-<code>
+<Code>
 #!/bin/sh
 #$ -N mon_script_parametrique
@@ Ligne 77: / Ligne 87: @@
 num = $(10*(2**($SGE_TASK_ID) - 1))
 /home/moi/mon_prog $num
-</code>
+</Code>
 et on lance par la commande:
-<code>
+<Code>
 qsub  -q small  -t 1-8 mon_script.sh
-</code>
+</Code>
 plus d'infos, ''man qsub'', option ''-t''
+avec un script matlab, il vaut mieux utiliser une fonction de matlab
+<Code>
+#!/bin/bash
+#
+#$ -cwd
+#$ -S /bin/bash
+#$ -N "optimisme_FB"
+##$ -o output
+##$ -e output
+#$ -M gerard.henry@univ-amu.fr
+#$ -m be
+#
+. /etc/profile.d/modules.sh
+module purge matlab
+module load matlab/8.1
+matlab -nodesktop -nosplash -r "FB_NbIt = str2num( getenv('SGE_TASK_ID') ); addpath(genpath('../Toolbox_optimism/'));params;exit"
+</Code>
+le fichier params.m contenant le code:
+<Code>
+if ~exist('FB_NbIt','var')
+  FB.param.NbIt = 10;
+else
+  FB.param.NbIt = FB_NbIt;
+end
+</Code>
 ====== modifier les propriétes de la queue de soumission ======