====== Site ====== [[https://computation.llnl.gov/casc/hypre/|Lien externe]] ====== Version 1.6.0 ====== * installée sur nemo * /usr/local/hypre-1.6.0 compilée avec Mpich 1.2.6 * /local/henry/hypre-1.6.0-amd64/src/hypre compilé avec Sun MPI * les exemples et la doc sont accessibles: /local/henry/hypre-1.6.0/src et /local/henry/hypre-1.6.0/docs ====== Version 2.0.0 ====== * installé sur nemo ^ chemin ^ précision ^ script pour recompiler ^ features ^ compilateurs ^ MPI ^ | /local/henry/hypre-2.0.0/src/hypre/lib | 32bits | /local/henry/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | sans babel | sunstudio | Sun HPC 6.0 | | /local/apps/lib/hypre/2.0.0/openmpi/sun/1.3.3/ | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32_openmpi.sh | ? | SS12u1 | HPC8.2 (openmpi de sun) | | /local/apps/debug | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32_debug.sh | avec babel | studio12 | SUNWhpc | | /local/apps/lib | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32.sh | avec babel | studio12 | SUNWhpc | | /local/apps/lib/amd64/ss12 | 64bits | /local/apps/src/ss12/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | sans babel? | sunstudio 12 | Sun HPC 6.0 | | /local/apps/lib/amd64/opt0 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work_opt0.sh | sans babel | studio12 | SUNWhpc | | /local/apps/hypre/2.0.0/hpc6/lib/amd64 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | avec babel | studio12 | HPC6.0 | | /local/apps/hypre/2.0.0/hpc6/lib/amd64/opt0 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_workopt0.sh | a cause de l'underscore dans l'interface C/fortran, avec babel | studio12 | HPC6.0 | | /local/apps/lib/hypre/2.0.0/openmpi/sun/1.3.3/amd64 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work64_openmpi.sh | ? | SS12u1 | HPC8.2 (openmpi de sun) | | | | /local/apps/src/hypre-2.2.0b/src/do_work_opt0.sh | | | | ===== Exemples ===== * les exemples dans /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/examples * le configure se fait à partir du script [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work32.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work32.sh]] (32 bits par defaut), et [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work.sh]] (en 64 bits) * penser à utiliser le compilateur Studio 12, avec la commande module load ss12 Le **path** idéal devrait au moins contenir: PATH=/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/bin::/usr/local/wrapper/bin:/opt/SUNWhpc/bin * [[hypre_patches|patches]] ==== ex1 ==== * testé l'exemple ex1 dans le repertoire exemples (utiliser Makefile pour une version 32 bits et M64 pour 64 bits): nemo-henry% mprun -np 2 ex1 : 1.800000e+01 Iters ||r||_C conv.rate ||r||_C/||b||_C ----- ------------ --------- ------------ 1 2.509980e+00 0.591608 5.916080e-01 2 9.888265e-01 0.393958 2.330686e-01 3 4.572262e-01 0.462393 1.077693e-01 4 1.706474e-01 0.373223 4.022197e-02 5 7.473022e-02 0.437922 1.761408e-02 6 3.402624e-02 0.455321 8.020061e-03 7 1.214929e-02 0.357057 2.863616e-03 8 3.533113e-03 0.290808 8.327628e-04 9 1.343893e-03 0.380371 3.167586e-04 10 2.968745e-04 0.220906 6.997400e-05 11 5.329671e-05 0.179526 1.256215e-05 12 7.308483e-06 0.137128 1.722626e-06 13 7.411552e-07 0.101410 1.746920e-07 ==== ex5 ==== avec SS12u1 et HPC6.0 mpcc -g -m64 -I$HYPRE/include -DHAVE_CONFIG_H -DHYPRE_TIMING -c ex5.c mpcc -m64 -fast -fsimple=0 -fns=no -xnolibmopt -o ex5 ex5.o -g -L$HYPRE/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk mprun -np 4 ex5 ==== ex5b77 ==== en 64 bits: nemo-henry% module purge; module load hypre2.0.0_hpc6 nemo-henry% mpf77 -g -m64 -dalign -I$HYPRE/include -DHAVE_CONFIG_H -DHYPRE_TIMING -c ex5b77.f nemo-henry% mpf77 -v -m64 -fast -fsimple=0 -fns=no -xnolibmopt -xalias=actual -dalign -o ex5b77 ex5b77.o -L$HYPRE/lib -lbHYPREClient-C -lbHYPREClient-CX -lbHYPREClient-F -lbHYPRE -lsidl -ldl -lxml2 -lmpi -g -R$HYPRE/lib -L$HYPRE/lib -lHYPRE -lmpi -xlic_lib=sunperf ====== Modifications ====== * récupérer le répertoire exemples et modifier le Makefile: nemo-henry% diff Makefile-ori Makefile 4,7c4,7 < CC = mpicc < F77 = mpif77 < CXX = mpiCC < HYPRE_DIR = ../hypre --- > CC = mpcc > F77 = mpf77 > CXX = mpCC > HYPRE_DIR = /local/apps/lib 12c12 < COPTS = -g -pedantic -Wall --- > COPTS = -g #-pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) 36c36,38 < -lsidl -ldl -lxml2 --- > -lsidl -ldl -lxml2 \ > -L/opt/SUNWhpc/lib \ > -lmpi et en 64 bits: > diff Makefile ~/src/hypre-2.0.0/src/examples/Makefile.ori 4,7c4,7 < CC = mpcc < F77 = mpf77 < CXX = mpCC < HYPRE_DIR = /local/apps/lib/amd64 --- > CC = mpicc > F77 = mpif77 > CXX = mpiCC > HYPRE_DIR = ../hypre 12c12 < COPTS = -g -m64 #-pedantic -Wall --- > COPTS = -g -pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -R/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ 36,38c36 < -lsidl -ldl -lxml2 \ < -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 \ < -lmpi --- > -lsidl -ldl -lxml2 dans le répertoire lapack: > diff lapack/Makefile.ori lapack/Makefile 104c104,105 < xerbla.c --- > xerbla.c\ > dlamch.c 112c113 < all: ${OBJS} dlamch.o --- > all: ${OBJS} 127,129d127 < dlamch.o : dlamch.c ${LAPACK_HEADERS} < ${CC} -c dlamch.c < ====== problèmes ====== ===== version 2.2.0b zero-sized struct/union cc: acomp failed ===== cette erreur: mpcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I. -I/usr/include/libxml2 -I/usr/java/include -I/usr/java/include/solaris -I./../sidlx -xO3 -xdepend -xprefetch=auto -xprefetch_level=3 -xvector -ftrap=common -m64 -D_REENTRANT -c sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c -KPIC -DPIC -o .libs/sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.o "sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.h", line 75: zero-sized struct/union cc: acomp failed for sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c make[3]: *** [sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.lo] Error 1 est [[http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=5182898|prise en compte]] dans Studio 12, donc il faut ajouter -features=extensions ===== interface babel ne compile pas ===== Pour compiler avec l'interface babel, il suffit d'ajouter "--with-babel" sur la ligne configure, dans do_work.sk. Mais la compilation échoue à cause du problème suivant: "/local/apps/src/hypre-2.0.0/src/babel-runtime/sidl/sidl_io_Serializer.h", line 1411: Error: 'sidl_io_Serializer__connectI' referenced in #pragma should be global and previously declared. This error is due to these lines: #pragma weak sidl_io_Serializer__connectI struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...); if we invert the two preceding lines: struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...); #pragma weak sidl_io_Serializer__connectI C'est ce qui est expliqué [[http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=5251468&tstart=0|Error with #pragma weak ]], mais faire cette modification manuellement est trop long (plus de 20 fichiers!) Pour l'instant, pas d'interface babel... Les hacks ont été faits par [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~jobic/dokuwiki/doku.php?id=hypre#interface_babel|Yann]] \\ Attention, pour utiliser les libs optimisées du constructeur (sun perflib), ne pas oublier les lignes suivantes en argument du configure: > --with-blas-libs="sunperf" \ > --with-blas-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \ > --with-lapack-libs="sunperf" \ > --with-lapack-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \ ===== problème avec underscore ===== quand a on ce type d'erreur: Undefined first referenced symbol in file mpi_finalize_ benchencours.o bhypre_mpicommunicator_createf_f_ benchencours.o bhypre_boomeramg_setoperator_f_ benchencours.o bhypre_ijparcsrmatrix_destroy_f_ benchencours.o cela signifie qu'une ligne de compilation ====== Utilisation de l'interface babel ====== Comme cela manque d'exemples, il faut fouiller dans les sources de hypre. On peut s'inspirer de: * src/test/f77_ij_b.f