====== Présentation ======
 
  * [[http://www.r-project.org/|Site Web]]
  * [[http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=tips:using-gui:find_gui|Graphical User Interface]]
  * [[notes_compil_R|Notes de compilation]]
  * [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Installing-packages|Installation de packages]]



====== Utilisation ======
  * se logger sur nemo
  * R24 pour lancer la version 2.4.1
  * R24-visu pour lancer la version avec l'interface graphique
  * R26 pour lancer la version 2.6.1 (compilée avec gcc, utilise Java 1.6)
  * R pour lancer la version 2.0.1, au cas où il manquerait des packages
  * utilisation de l'interface graphique pour R24:
<code>
library(JGR)
JGR()
</code>
En cas de problèmes, voir la rubrique {{problèmes}}


====== Ajout de packages ======
c'est possible sans etre admin, sur nemo, de la façon suivante, pour R26:
  * s'assurer que le dossier R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6 existe dans son compte
  * télécharger le package à installer
  * modifier le PATH
<code>
setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:/opt/csw/bin:${PATH}:/usr/ccs/bin
</code>
et enfin, installer le package, par exemple:
<code>
R26 CMD INSTALL /local/apps/downloads/aplpack_1.1.1.tar.gz
* Installing to library '/local/henry/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6'
* Installing *source* package 'aplpack' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Loading required package: tcltk
Loading Tcl/Tk interface ... done
** help
 >>> Building/Updating help pages for package 'aplpack'
     Formats: text html latex example 
  aplpack.package                   text    html    latex   example
  bagplot                           text    html    latex   example
  boxplot2D                         text    html    latex   example
  faces                             text    html    latex   example
  spin3R                            text    html    latex   example
  stem.leaf                         text    html    latex   example
** building package indices ...
* DONE (aplpack)
</code>
en cas de problème, contacter le support [[support@cmi.univ-mrs.fr]]


**Remarque sur le dossier library:**
\\
utiliser la commande suivante pour connaitre le dossier à créer:
<code>
> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
                          R_LIBS_USER 
"~/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.7" 
</code>

====== Problèmes ======
  * ** 19/04/2007 ** Interface graphique: Exécuter: "bash /usr/local/R-2.4.1/lib/R/library/JGR/cont/run"
  * ** 19/04/2007 ** à la fin de l'installation de bioconductor:
Warning message:
installation of package 'ROC' had non-zero exit status in: install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies,