====== Matlab ======
===== Les versions disponibles =====
pour faire court, liste des versions installées et disponibles:
module avail matlab
et pour chaque version, pour voir la date:
module help matlab/7.1.0
* Les 10 jetons de la licence 170472 ne sont utilisables qu'avec la version R14 de 2007 (7.1.0).
* Les 2 jetons de la licence 686749 sont utilisables pour toutes les versions depuis la 7.10
^ jetons ^ MATLAB Version ^ Toolboxes ^ Commandes pour choisir ^ Serveurs concernés ^
| 10 (pas de maintenance) 170472 | 7.1.0.183 (R14) Service Pack 3 | [[http://www.mathworks.fr/help/releases/R14sp3/helpdesk.html|Compiler, Partial Differential Equation, Signal, Compiler]] | ''module unload matlab;module load matlab/7.1.0'' | charybde, scylla, octopus |
| 1 (pas de maintenance) | 7.9.0.529 (R2009b) | [[http://www.mathworks.fr/help/releases/R2009b/helpdesk.html|Statistics]] | ''module unload matlab;module load matlab/7.9.0'' | octopus uniquement |
| 2 (payé par AN, maintenance 2012) 686749 | 7.10.0.499 (R2010a) | [[http://www.mathworks.fr/help/releases/R2010a/helpdesk.html|Global Optimization, Optimization, Statistics, Compiler]] | ''module unload matlab;module load matlab/7.10.0'' | charybde, scylla, octopus, pour les clients, [[#deploiement|voir]] |
| id. | 8.1 (R2013a) | | ''module purge matlab;module load matlab/8.1'' | judith, holopherne, signal |
| 2 (payé par optimisme, maintenance 2015) 1105012 | r2016b | Optimization_Toolbox, Distrib_Computing_Toolbox, Signal_Toolbox| ''module purge matlab'' ''module unload matlab'' ''module load matlab/r2016b''| signal |
les fichiers d'installation, accessibles sur le réseau du laboratoire:
* ''/net/fury/donnees/provisoire/logiciels/matlab/R2010a''
* ''/net/fury/donnees/provisoire/logiciels/matlab/R2011b''
* ''/net/fury/donnees/provisoire/logiciels/matlab/{download,download.1,download.2}'' image ISO des 3 CDs
===== Détails sur les commandes =====
Lancer matlab sur charybde, (octopus n'est pas disponible en permanence, se renseigner avant de l'utiliser!)
[henry@charybde ~]$ module avail matlab
-------------------- /local/apps/Modules/3.2.6/modulefiles ---------------------
matlab/7.1.0 matlab/7.10.0 matlab/7.9.0
Cette commande montre les différentes versions disponibles
Attention, vérifier avec la commande lmstat ("lmstat -a") qu'il reste un jeton de disponible
en batch:
matlab -nojvm -nodisplay < toto.m > sortie &
sur la version 2012 de matlab (7.14), ajouter:
matlab -nojvm -nodisplay -nodesktop < toto.m > sortie &
===== Lancer Matlab avec SGE =====
* [[calcul|Moyens pour le calcul scientifique au LATP]]
* il faut utiliser SGE qui permet de lancer de longs programmes et de recevoir un mail lorsque c'est termnié. Cela évite d'avoir à garder une fenêtre de terminal ouverte en permanence (utile pour lancer les commandes à distance)
* voici un exemple:
* se connecter sur octopus et créer un répertoire pour vos scripts matlab
mkdir sge-test-matlab
cd sge-test-matlab
* dans le dossier //sge-test-matlab//, créer les 2 fichiers suivants, //sge-test-matlab.sh// et //test-matlab.m//
touch sge-test-matlab.sh test-matlab.m
chmod u+x sge-test-matlab.sh
* le contenu du fichier sge-test-matlab.sh
#!/bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
##$ -o output
##$ -e output
#$ -M gerard.henry@univ-amu.fr
#$ -m be
#
. /etc/profile.d/modules.sh
module purge matlab
module load matlab/7.13
cd sge-test-matlab
matlab -nodesktop -nodisplay -nojvm < test-matlab.m
* et le code du script matlab
disp 'matlab test ...'
a=2
b=a+a
disp ' ... all done.'
* tester le nouveau script shell, en lançant directement:
./sge-test-matlab.sh
* puis, lancez-le avec la commande qsub de SGE, depuis le répertoire du script:
qsub -q small ./sge-test-matlab.sh
* vous devriez recevoir un mail au lancement et à la fin de votre programme
* dans votre //homedir//, vous aurez 2 fichiers sge-test-matlab.eNNNN et sge-test-matlab.oNNNN qui contiennent respectivement les erreurs et les sorties de votre programme
* cet exemple est adapté de cette [[https://wiki.harvard.edu/confluence/display/USERDOCS/How+to+run+Matlab+using+SGE|page]]
* continuer avec SGE sur cette [[calcul|Moyens pour le calcul scientifique au LATP]], et si vous avez besoin de [[http://www.en.it.physik.uni-muenchen.de/dienste/software/matlab/matlab-asc/matlab-asccluster.html|compiler matlab]]
===== Compiler matlab pour l'exécuter sur holopherne =====
* parce que holopherne ne dispose pas de matlab
* sur octopus, chosir matlab 7.10 ou 7.14
module unload matlab ; module load matlab/7.14
* lancer matlab et initialiser l'environnement de compilation avec la commande "mbuild setup"
* compiler votre script matlab (noter le passage des arguments pour empêcher l'affichage du desktop)
mcc -m -R -nojvm -R -nodisplay HLFVlinear.m
* recopier les 2 fichiers produit par mcc sur holopherne:
scp run_HLFVlinear.sh HLFVlinear holopherne:
* sur holopherne, lancer votre programme en utilisant le script shell crée par mcc, et en donnant le chemin de la librairie matlab
./run_HLFVlinear.sh /opt/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717
* pour matlab/7.10.0, la lib est /opt/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713
===== disponibilité des versions (lmstat) =====
* Sur les serveurs, elle est donné par l'utilisation de la commande **lmstat**. Attention, cette commande est associée à la version de matlab, il faut donc charger la version avant de la lancer
* sur les postes clients, cela dépend du type de licence utilisée: serveur ou individuel
* en cas de problème, matlab affiche le nom du fichier de licence qu'il veut utiliser et qui contient le nom du serveur de licences. Penser à regarder le site [[https://www2/phplicensewatcher]] pour voir l'état du serveur de licences
^ version ^ commandes ^ résultat ^ serveur de licence ^
| 7.1.0 | ''module unload matlab; module load matlab/7.1.0; lmstat -a'' | indique au plus 10 jetons | reglisse |
| 7.9.0 | ''module unload matlab; module load matlab/7.9.0'' | pas de lmstat, mais 1 seul jeton | N/A |
| 7.10.0 | ''module unload matlab; module load matlab/7.10.0; lmstat -a'' | indique au 2 plus jetons | nemo |
====== Les boîtes à outils matlab ======
^ Version ^ Toolbox ^ Jetons ^ Aide |
| 7.1.0 | Compiler | 1 | [[http://www.mathworks.com/support/tech-notes/1600/1621.html?BB=1|What should I do before trying to compile?]] |
| | PDE_Toolbox | 6 | |
| | Signal_Toolbox | 4 | |
| 7.9.0 | n.d. | n.d. | |
| 7.10.0 | Compiler | 5 | [[http://www.mathworks.fr/help/releases/R2010a/toolbox/compiler/]] |
====== Boite a outils stixbox ======
===== 18 jan 08 stixbox sur slatp pour matlab 7 =====
[[https://turquoise.univ-mrs.fr/Ticket/Display.html?id=2041]]
===== slatp, shrek =====
Installé dans la version 6 de matlab (celle par défaut):
slatp:~# cd /usr/local/matlab6/
slatp:/usr/local/matlab6# mkdir /usr/local/matlab6/local
slatp:/usr/local/matlab6# mv /tmp/stixbox/stixbox* /usr/local/matlab6/local/
slatp:/usr/local/matlab6# mv /tmp/stixbox/install/startup.m toolbox/local/
on ajoute dans le fichier
slatp:/usr/local/matlab6# vi toolbox/local/pathdef.m
...
matlabroot,'/local/stixbox:',...
...
Lancement
slatp:~> matlab -nodisplay
< M A T L A B >
Copyright 1984-2002 The MathWorks, Inc.
Version 6.5.0.180913a Release 13
Jun 18 2002
Using Toolbox Path Cache. Type "help toolbox_path_cache" for more info.
To get started, type one of these: helpwin, helpdesk, or demo.
For product information, visit www.mathworks.com.
Environment var $STIX_PATH not set up
StixBox to be found in:/usr/local/matlab6p5/local/stixbox
>>
==== calypso, mombasa ====
il s'agit de matlab 7.1
mombasa-henry% matlab -nojvm -nodisplay
Warning:
MATLAB is starting without a display, using internal event queue.
You will not be able to display graphics on the screen.
< M A T L A B >
Copyright 1984-2005 The MathWorks, Inc.
Version 7.1.0.183 (R14) Service Pack 3
August 02, 2005
To get started, type one of these: helpwin, helpdesk, or demo.
For product information, visit www.mathworks.com.
Environment var $STIX_PATH not set up
StixBox to be found in:/usr/local/matlab7.1/local/stixbox
>> help stixbox
A rudimentary statistics toolbox.
Version 1.10, 9-Sep-98
==== Autres machines ====
elle est installée dans le répertoire /usr/local/stixbox. Pour l'utiliser, il faut taper la commande suivante:
>> addpath ('/usr/local/stixbox')
Il doit etre possible de sauvegarder cette modification dans un fichier utilise par matlab (voir support matlab)
====== Déploiement ======
Sur un poste client du laboratoire, plusieurs méthodes sont possibles pour installer matlab, suivant la version disponible.
* [[install_matlab|Installation]] par montage nfs, les mises à jour sont de la responsabilité de l'ASR.
* ou récupérer les cds d'installation, et faire l'installation soi-même (ainsi que les mises à jour éventuelles)
Pour la licence, un fichier est disponible auprès de l'ASR du laboratoire. Il suffit qu'il contienne une information aussi succincte que:
SERVER nom_serveur ANY 27002
USE_SERVER
* ''Le nom « nom_serveur »'' dépend de l'installation. Renseignez vous à [[support@cmi.univ-mrs.fr]]
====== Problèmes ======