Présentation

Utilisation

se logger sur nemo
R24 pour lancer la version 2.4.1
R24-visu pour lancer la version avec l'interface graphique
R26 pour lancer la version 2.6.1 (compilée avec gcc, utilise Java 1.6)
R pour lancer la version 2.0.1, au cas où il manquerait des packages
utilisation de l'interface graphique pour R24:

library(JGR)
JGR()

En cas de problèmes, voir la rubrique problemes

Ajout de packages

c'est possible sans etre admin, sur nemo, de la façon suivante, pour R26:

s'assurer que le dossier R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6 existe dans son compte
télécharger le package à installer
modifier le PATH

setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:/opt/csw/bin:${PATH}:/usr/ccs/bin

et enfin, installer le package, par exemple:

R26 CMD INSTALL /local/apps/downloads/aplpack_1.1.1.tar.gz
* Installing to library '/local/henry/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6'
* Installing *source* package 'aplpack' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Loading required package: tcltk
Loading Tcl/Tk interface ... done
** help
 >>> Building/Updating help pages for package 'aplpack'
     Formats: text html latex example 
  aplpack.package                   text    html    latex   example
  bagplot                           text    html    latex   example
  boxplot2D                         text    html    latex   example
  faces                             text    html    latex   example
  spin3R                            text    html    latex   example
  stem.leaf                         text    html    latex   example
** building package indices ...
* DONE (aplpack)

en cas de problème, contacter le support support@cmi.univ-mrs.fr

Remarque sur le dossier library:
utiliser la commande suivante pour connaitre le dossier à créer:

> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
                          R_LIBS_USER 
"~/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.7"

Problèmes

19/04/2007 Interface graphique: Exécuter: “bash /usr/local/R-2.4.1/lib/R/library/JGR/cont/run”
19/04/2007 à la fin de l'installation de bioconductor:

Warning message: installation of package 'ROC' had non-zero exit status in: install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies,