connaître l'environnmeent (sur octopus):
module avail mpi -------------------- /local/apps/Modules/3.2.6/modulefiles --------------------- mpi/openmpi144 mpi/sunhpc8 mpi/sunhpc82 mpi/sunhpc821c
juin 09 Sun HPC ClusterTools 8.2 is based on the Open MPI 1.3.3 release.
module load hpc82
ou
module load sunhpc
mars 06
Sun MPI 7.0 Software Programming and Reference Guide
ajouter /opt/SUNWhpc/bin dans le PATH (ou utiliser plutôt la commande module)
module load hpc
sur nemo, slatp, shrek 1.2.6, 1.2.7p1, 1.2.7.p1 32bits et 64 bits
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/
/usr/local/mpich-1.2.6
/usr/local/mpich-1.2.6-new
/usr/local/mpich-1.2.7p1
avec MPICH 1.2.6 installé dans /usr/local. Penser à mettre à jour le PATH
nemo-henry% setenv PATH /usr/local/mpich-1.2.6/bin:${PATH}
nemo-henry% pwd
/local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution
nemo-henry% make
mpirun -np 8 ./CommSplit
Rang : 0 ; Coordonnees : (0,0) ; W = 1.
Rang : 3 ; Coordonnees : (1,1) ; W = 2.
Rang : 1 ; Coordonnees : (0,1) ; W = 1.
Rang : 4 ; Coordonnees : (2,0) ; W = 3.
Rang : 2 ; Coordonnees : (1,0) ; W = 2.
Rang : 6 ; Coordonnees : (3,0) ; W = 4.
Rang : 5 ; Coordonnees : (2,1) ; W = 3.
Rang : 7 ; Coordonnees : (3,1) ; W = 4.
Remarque:
nemo-henry% file /local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution/CommSplit /local/henry/tests/MPI/mpi1_tp/tp6/solution/CommSplit: ELF 32-bit LSB executable 80386 Version 1 [FPU], dynamically linked, not stripped
sur octopus, faire:
module load sunhpc petsc3.1_p8_hpc8
make -f Makefile_petsc3.1 solv_ksp mpirun -np 2 ./solv_ksp -mat_type mpiaij -pc_type lu -pc_factor_mat_solver_package mumps -nx 1000 -ny 1000 -debug 0
nemo-henry% setenv PATH /opt/SUNWspro/bin:${PATH}
nemo-henry% pwd
/local/henry/tests/petsc/test
nemo-henry% cc -KPIC -g -xtarget=opteron -o ex1 ex1.c \
-R/usr/local/mpich-1.2.6/lib \
-L/usr/local/mpich-1.2.6/lib \
-I/usr/local/mpich-1.2.6/include \
-lmpich \
-R/local/henry/petsc-2.3.0-debug/lib/solaris-amd64-32 \
-L/local/henry/petsc-2.3.0-debug/lib/solaris-amd64-32 \
-I/local/henry/petsc-2.3.0-debug/include \
-I/local/henry/petsc-2.3.0-debug/bmake/solaris-amd64-32 \
-lpetscvec -lpetsc \
-xlic_lib=sunperf
nemo-henry% mpirun -np 4 ex1
Vector length 20
Vector length 20 40 60
All other values should be near zero
VecScale 0
VecCopy 0
VecAXPY 0
VecAYPX 0
VecSwap 0
VecSwap 0
VecWAXPY 0
VecPointwiseMult 0
VecPointwiseDivide 0
VecMAXPY 0 0 0
Sun HPC est une implémentation de MPI 1 et 2 par Sun. Il semble aujourd'hui que Sun se rallie à OpenMPI, en fournissant HPC7.0
Lorsqu'on utilise ces produits, on peut trouver de la documentation et du support communautaire:
at -m now
mprun -np <nb-proc> <executable> <parametre executable>
| Commande | Action |
|---|---|
| mpps -Ae | Liste les process parallèles de toutes les machines parallèles |
| mpps -Aep | Liste les process parallèles de toutes les machines parallèles, mais avec le nom des noeuds utilisés |
| mpkill cre.xxxx | A faire sur le serveur HPC où tourne le job : arrête le programme |
| mpkill -KILL cre.xxxx | id. |
| mpkill -C jobid | Uniquement root peut faire cette commande. |
Installé sur nemo, c'est une version beta, expire le 25 juin 06.
Pour le lancer, taper simplement: totalview
La documentation est ici:Etnus