Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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dune [2014/12/29 09:21]
gerard [nouvelle version de solver-bench (0.45) plus slepc]
dune [2017/08/25 09:56] (Version actuelle)
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   * [[http://dune.mathematik.uni-freiburg.de/download.html]]     * [[http://dune.mathematik.uni-freiburg.de/download.html]]  
   * [[http://www.dune-project.org/doc/installation-notes.html]]   * [[http://www.dune-project.org/doc/installation-notes.html]]
 +
 +====== recompilation de solver-bench sur judith (CentOS7) ======
 +dune sur judith, ne pas oublier:
 +<code>
 +[root@judith ~]# yum groupinstall 'Development Tools'
 +</code>
 +  * dans /local/apps/src/dune
 +  * dernière version du solver-bench: 0.70
 +  * a besoin de : (voir config.log)
 +<code>
 +--with-umfpack=/local/apps/src/dune/UMFPACK
 +--with-petsc=/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5
 +--with-dune-istl=/local/apps/src/dune/Dune
 +--with-slepc=/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt
 +</code>
 +si on essaie de recompiler UMFPACK en utilisant le script de RK: ./umfpack_installer.sh
 +<code>
 +./umfpack_simple: error while loading shared libraries: libgfortran.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
 +</code>
 +et:
 +<code>
 +[root@judith ~]# yum provides "*/libgfortran.so.1"
 +compat-libgfortran-41-4.1.2-44.el7.i686 : Compatibility Fortran 95 runtime
 +                                        : library version 4.1.2
 +Repo        : base
 +Matched from:
 +Filename    : /usr/lib/libgfortran.so.1
 +</code>
 +on installe cette lib:
 +<code>
 +[root@judith ~]# yum install compat-libgfortran-41-4.1.2-44.el7
 +</code>
 +et on lance l'install, voir umfpack_installer.LOG, qui montre plein de différences sur les résultats obtenus, est ce que c'est génant?
 +\\
 +autre erreur, le do_work.sh ne passe pas à cause du compilo fortran qui n'accepte plus le -R alors qu'avant, il signalait juste l'erreur mais créeait quand même l'exécutable. On enlève le -R de LD_FLAGS
 +et ça passe:
 +<code>
 +Found the following Dune-components:
 +
 +----------------------------------------
 +
 +dune-common.............: yes (/local/apps/src/dune/Dune) version 2.0
 +dune-istl...............: yes (/local/apps/src/dune/Dune) version 2.0
 +BLAS....................: yes
 +METIS...................: no
 +MPI.....................: no
 +PETSC...................: yes (/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5)
 +ParMETIS................: no
 +SLEPC...................: yes (/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt)
 +SuperLU-DIST............: no
 +SuperLU.................: no
 +UMFPACK.................: yes
 +</code>
 +
 +ensuite, on lance le make
 +\\
 +autre erreur:
 +<code>
 +/local/apps/src/dune/Dune/include/dune/common/nullptr.hh:25:24: error: conflicting declaration ‘typedef class dune_nullptr_t nullptr_t’
 + typedef dune_nullptr_t nullptr_t;
 +                        ^
 +In file included from /local/apps/src/dune/UMFPACK/AMD/Include/amd.h:45:0,
 +                 from /local/apps/src/dune/UMFPACK/UMFPACK/Include/umfpack.h:91,
 +                 from umfpack.hh:34,
 +                 from mymatrix.hh:78,
 +                 from benchmarkruntime.cc:35:
 +/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.2/include/stddef.h:432:29: error: ‘nullptr_t’ has a previous declaration as ‘typedefstd::nullptr_t nullptr_t’
 +   typedef decltype(nullptr) nullptr_t;
 +</code>                             ^
 +
 +<del>on va essayer de commenter le typedef dans /local/apps/src/dune/Dune/include/dune/common/nullptr.hh</del> on va ajouter -DHAVE_NULLPTR au compilo
 +ça passe, mais il y a un autre problème à l'édition de liens du à petsc qui n'a pas été recompilé
 +
 +on essaie de recompiler petsc, et RK a fourni le script
 +install_petsc_slepc.sh avec all comme argument
 +ça passe toujours pas, on essaie autrement (voir wiki)
 +<code>
 +bash-4.2$ export PETSC_DIR=$PWD
 +bash-4.2$ ./config/configure.py --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-mpi=0
 +...
 +Compilers:
 +  C Compiler:         gcc  -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -g3
 +  Fortran Compiler:   gfortran  -Wall -Wno-unused-variable -g
 +Linkers:
 +  Static linker:   /bin/ar cr
 +  Dynamic linker:   /bin/ar
 +X11:
 +  Includes:
 +  Library:  -lX11
 +BLAS/LAPACK: -llapack -lblas
 +PETSc:
 +  PETSC_ARCH: linux-gnu-c-debug
 +  PETSC_DIR: /local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5
 +  Clanguage: C
 +  Scalar type: real
 +  Precision: double
 +  Memory alignment: 16
 +  shared libraries: disabled
 +  dynamic libraries: disabled
 +xxx=========================================================================xxx
 +   Configure stage complete. Now build PETSc libraries with:
 +   make PETSC_DIR=/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug all
 +xxx=========================================================================xxx
 +</code>
 +il faut aussi ajouter la lib mpi et 
 +Different compiler and linker combinations require different flags. -R works for many GNU compiler and linker combinations, but not all compilers and linkers. In some cases, you may have to instead tell the compiler to pass the -rpath flag to the linker. One typical way to do this is with -Wl,-rpath,/usr/local/lib. 
 +dans LD_FLAGS dans do_work.sh
 +pour compiler solver-bench, il a fallu aussi lancer certaines lignes du makefile à la main, ce qui est passé alors que depuis le makefile non
 +<code>
 +libtool: link: gfortran -g -O2 -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib --tag=CXX -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib -o fortrantest example_F.o writexdr.o -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/openmpi/lib  -L/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5/linux-gnu-c-opt/lib -L/usr/lib64/openmpi/lib -L/local/apps/src/dune/slepc-3.1-p4/linux-gnu-c-opt/lib -L/local/apps/src/dune/petsc-3.1-p5/lib -L/local/apps/src/dune/UMFPACK/UMFPACK/Lib -L/local/apps/src/dune/UMFPACK/AMD/Lib -L/local/apps/src/dune/Dune/lib -lslepc -lpetsc /local/apps/src/dune/Dune/lib/libdunecommon.a -lumfpack -lamd -lm -lmpi -llapack -lblas
 +gfortran: error: unrecognized command line option '--tag=CXX'
 +make[2]: *** [fortrantest] Error 1
 +make[2]: Leaving directory `/local/apps/src/dune/solver-bench-0.70/examples'
 +</code>
 +il faut aller dans le Makefile du dossier examples/ et virer --tag=CXX des lignes LD...., avec la nouvelle verson du compilo gfortran ça passe sans problème
 +
 +on vérifie sur un des benches:
 +<code>
 +---------------------------------------------------------
 +RESULTS for `LS-FVM_test1_dkershaw16.xdr'
 +---------------------------------------------------------
 +Contributor and scheme: LS-FVM
 +Test: 1
 +Mesh: dkershaw16
 +---------------------------------------------------------
 +Problem size:
 +1) unknowns:                   4096
 +2) non-zero Matrix entries:    97336
 +3) entries in blocks of size:  1
 +Solver + Preconditioner: ISTL-CG + ILU (0) (relax. 1)
 +Reduction to achieve: 1e-10
 +Number of iterations: 409601
 +Residual : || b - Ax ||_inf                = 2.04981
 +rel. Res.: || b - Ax ||_inf / || b ||_inf  = 2.32316
 +Computed eigenvalues values: lambda_max = -11.2098, lambda_min = -0.00820027
 +Estimated condition number:  lambda_max/lambda_min = 1367
 +CPU time to solve in seconds: 101.545
 +Memory used in MB: 4.74609 (program internal)
 +Memory used in MB: 7.9375 (rusage.ru_maxrss)
 +---------------------------------------------------------
 +</code>
 +à comparer avec [[http://solqual.latp.univ-provence.fr/ref_bench/a5fe7a76a75737a80d2c42e7d64b68e3/]], qui montre qu'on a gagné un facteur 3!
 +| CPU time to solve in seconds| 369.315 | 101.545 |
  
 ====== installation sur octopus ====== ====== installation sur octopus ======