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Version 1.6.0
- installée sur nemo
- /usr/local/hypre-1.6.0 compilée avec Mpich 1.2.6
- /local/henry/hypre-1.6.0-amd64/src/hypre compilé avec Sun MPI
- les exemples et la doc sont accessibles: /local/henry/hypre-1.6.0/src et /local/henry/hypre-1.6.0/docs
Version 2.0.0
- installé sur nemo
- /local/apps/src/hypre-2.0.0/src
- les exemples dans /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/examples
- le configure se fait à partir du script /local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work32.sh (32 bits par defaut), et /local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work.sh (en 64 bits)
- penser à utiliser le compilateur Studio 12, avec la commande
> module load ss12
Le path idéal devrait au moins contenir:
PATH=/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/bin::/usr/local/wrapper/bin:/opt/SUNWhpc/bin
- testé l'exemple ex1 dans le repertoire exemples:
nemo-henry% mprun -np 2 ex1 <C*b,b>: 1.800000e+01 Iters ||r||_C conv.rate ||r||_C/||b||_C ----- ------------ --------- ------------ 1 2.509980e+00 0.591608 5.916080e-01 2 9.888265e-01 0.393958 2.330686e-01 3 4.572262e-01 0.462393 1.077693e-01 4 1.706474e-01 0.373223 4.022197e-02 5 7.473022e-02 0.437922 1.761408e-02 6 3.402624e-02 0.455321 8.020061e-03 7 1.214929e-02 0.357057 2.863616e-03 8 3.533113e-03 0.290808 8.327628e-04 9 1.343893e-03 0.380371 3.167586e-04 10 2.968745e-04 0.220906 6.997400e-05 11 5.329671e-05 0.179526 1.256215e-05 12 7.308483e-06 0.137128 1.722626e-06 13 7.411552e-07 0.101410 1.746920e-07
Modifications
- modifié le Makefile du répertoire exemples pour que ça marche:
nemo-henry% diff Makefile-dist Makefile 4,6c4,6 < CC = mpicc < F77 = mpif77 < CXX = mpiCC --- > CC = mpcc > F77 = mpf77 > CXX = mpCC 12c12 < COPTS = -g -pedantic -Wall --- > COPTS = -g #-pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) 36c36,38 < -lsidl -ldl -lxml2 --- > -lsidl -ldl -lxml2 \ > -L/opt/SUNWhpc/lib \ > -lmpi 37a40 >
et en 64 bits:
> diff Makefile ~/src/hypre-2.0.0/src/examples/Makefile.ori 4,7c4,7 < CC = mpcc < F77 = mpf77 < CXX = mpCC < HYPRE_DIR = /local/apps/lib/amd64 --- > CC = mpicc > F77 = mpif77 > CXX = mpiCC > HYPRE_DIR = ../hypre 12c12 < COPTS = -g -m64 #-pedantic -Wall --- > COPTS = -g -pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -R/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ 36,38c36 < -lsidl -ldl -lxml2 \ < -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 \ < -lmpi --- > -lsidl -ldl -lxml2
dans le répertoire lapack:
> diff lapack/Makefile.ori lapack/Makefile 104c104,105 < xerbla.c --- > xerbla.c\ > dlamch.c 112c113 < all: ${OBJS} dlamch.o --- > all: ${OBJS} 127,129d127 < dlamch.o : dlamch.c ${LAPACK_HEADERS} < ${CC} -c dlamch.c <
problèmes
interface babel ne compile pas
Pour compiler avec l'interface babel, il suffit d'ajouter “–with-babel” sur la ligne configure, dans do_work.sk. Mais la compilation échoue à cause du problème suivant:
"/local/apps/src/hypre-2.0.0/src/babel-runtime/sidl/sidl_io_Serializer.h", line 1411: Error: 'sidl_io_Serializer__connectI' referenced in #pragma should be global and previously declared.
This error is due to these lines:
#pragma weak sidl_io_Serializer__connectI struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...);
if we invert the two preceding lines:
struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...); #pragma weak sidl_io_Serializer__connectI
C'est ce qui est expliqué Error with #pragma weak , mais faire cette modification manuellement est trop long (plus de 20 fichiers!)
Pour l'instant, pas d'interface babel…
Les hacks ont été faits par Yann
Utilisation de l'interface babel
Comme cela manque d'exemples, il faut fouiller dans les sources de hypre. On peut s'inspirer de:
- src/test/f77_ij_b.f