Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciel_r [2007/06/14 16:20] – créée gerard
+++ logiciel_r [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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-  * Version: 2.4.1
+====== Présentation ======
   * [[http://www.r-project.org/|Site Web]]
   * [[http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=tips:using-gui:find_gui|Graphical User Interface]]
-  * [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/doku.php?id=problemes_rjava|Notes de compilation]]
+  * [[notes_compil_R|Notes de compilation]]
+  * [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Installing-packages|Installation de packages]]
+====== Utilisation ======
+  * se logger sur nemo
+  * R24 pour lancer la version 2.4.1
+  * R24-visu pour lancer la version avec l'interface graphique
+  * R26 pour lancer la version 2.6.1 (compilée avec gcc, utilise Java 1.6)
+  * R pour lancer la version 2.0.1, au cas où il manquerait des packages
+  * utilisation de l'interface graphique pour R24:
+<code>
+library(JGR)
+JGR()
+</code>
+En cas de problèmes, voir la rubrique {{problèmes}}
+====== Ajout de packages ======
+c'est possible sans etre admin, sur nemo, de la façon suivante, pour R26:
+  * s'assurer que le dossier R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6 existe dans son compte
+  * télécharger le package à installer
+  * modifier le PATH
+<code>
+setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:/opt/csw/bin:${PATH}:/usr/ccs/bin
+</code>
+et enfin, installer le package, par exemple:
+<code>
+R26 CMD INSTALL /local/apps/downloads/aplpack_1.1.1.tar.gz
+* Installing to library '/local/henry/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6'
+* Installing *source* package 'aplpack' ...
+** R
+** inst
+** preparing package for lazy loading
+Loading required package: tcltk
+Loading Tcl/Tk interface ... done
+** help
+ >>> Building/Updating help pages for package 'aplpack'
+     Formats: text html latex example
+  aplpack.package                   text    html    latex   example
+  bagplot                           text    html    latex   example
+  boxplot2D                         text    html    latex   example
+  faces                             text    html    latex   example
+  spin3R                            text    html    latex   example
+  stem.leaf                         text    html    latex   example
+** building package indices ...
+* DONE (aplpack)
+</code>
+en cas de problème, contacter le support [[support@cmi.univ-mrs.fr]]
+**Remarque sur le dossier library:**
+\\
+utiliser la commande suivante pour connaitre le dossier à créer:
+<code>
+> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
+                          R_LIBS_USER
+"~/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.7"
+</code>
+====== Problèmes ======
+  * ** 19/04/2007 ** Interface graphique: Exécuter: "bash /usr/local/R-2.4.1/lib/R/library/JGR/cont/run"
+  * ** 19/04/2007 ** à la fin de l'installation de bioconductor:
+Warning message:
+installation of package 'ROC' had non-zero exit status in: install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies,