Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- notes_compil_r [2008/01/21 18:31] – gerard
+++ notes_compil_r [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== Version 2.4.1 ======
+====== Installation de packages ======
+===== package aplpack =====
+<code>
+w2100-henry% ssh devel1@nemo
+> echo $PATH
+/usr/local/wrapper/bin:/usr/bin
+> setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:/opt/csw/bin:${PATH}:/usr/ccs/bin
+> /local/apps/R-2.6.1_gcc/bin/R CMD INSTALL  downloads/aplpack_1.1.1.tar.gz
+* Installing to library '/local/apps/R-2.6.1_gcc/lib/R/library'
+* Installing *source* package 'aplpack' ...
+** R
+** inst
+** preparing package for lazy loading
+Loading required package: tcltk
+Error in firstlib(which.lib.loc, package) :
+  Tcl/Tk support is not available on this system
+Error: package 'tcltk' could not be loaded
+Execution halted
+ERROR: lazy loading failed for package 'aplpack'
+** Removing '/local/apps/R-2.6.1_gcc/lib/R/library/aplpack'
+</code>
+===== astuce pour installer un package dans le compte user =====
+il faut créer un répertoire tel qu'indiqué dans la doc de R:
+<code>
+nemo-henry% mkdir -p R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6
+nemo-henry% pwd
+/local/henry
+nemo-henry% /local/apps/R-2.6.1_gcc_new/bin/R CMD INSTALL /local/apps/downloads/aplpack_1.1.1.tar.gz
+* Installing to library '/local/henry/R/i386-pc-solaris2.10-library/2.6'
+* Installing *source* package 'aplpack' ...
+** R
+** inst
+** preparing package for lazy loading
+Loading required package: tcltk
+Loading Tcl/Tk interface ... done
+** help
+ >>> Building/Updating help pages for package 'aplpack'
+     Formats: text html latex example
+  aplpack.package                   text    html    latex   example
+  bagplot                           text    html    latex   example
+  boxplot2D                         text    html    latex   example
+  faces                             text    html    latex   example
+  spin3R                            text    html    latex   example
+  stem.leaf                         text    html    latex   example
+** building package indices ...
+* DONE (aplpack)
+</code>
+====== Notes de compilation ======
+===== Version 2.4.1 =====
   * [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/doku.php?id=problemes_rjava|Problèmes rJava]]
-====== Version 2.6.1 ======
+===== Version 2.6.1 =====
-===== compilation avec gcc =====
+==== compilation avec gcc ====
+voir /local/apps/src/gcc/R-2.6.1/ pour les logs de la compilation
 <code>
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 </code>
-On utilise le gcc de blastwave:
+On utilise le gcc de blastwave, mais le f95 de SunStudio12:
 <code>
-> setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:${PATH}
+> setenv PATH /opt/csw/gcc3/bin:${PATH}:/opt/studio12/SUNWspro/bin
 </code>
 puis on installe JGR:
@@ Ligne 31: / Ligne 89: @@
 </code>
-===== compilation sunstudio12 32 bits =====
+==== compilation sunstudio12 32 bits ====
 Le script pour compiler
 <code>
@@ Ligne 225: / Ligne 283: @@
 Le check échoue!?
 Pour lancer, voir le script /bin/R26
 ==== Hacks ====
@@ Ligne 230: / Ligne 289: @@
 \\
 dans /local/apps/lib/bin/R, on remplace /bin/sh par /bin/bash (est ce nécessaire?)
+===== R 2.7.1 avec studio 12 =====
+voir le répertoire /local/apps/src/R-2.7.1
+<code>
+setenv PATH /usr/local/wrapper/bin:/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/xpg4/bin:/opt/SUNWhpc/bin:/usr/bin:/usr/ccs/bin:/opt/csw/bin:/usr/sfw/bin
+</code>
+et le fichier do_work32.sh
+\\
+les tests échouent, mais on peut faire l'install, et l'utiliser. Pour tester, on installe le package aplpack, et ça passe.
 ===== Problèmes =====
@@ Ligne 302: / Ligne 371: @@
 </code>
 voir [[http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=792436|Can't load IA 32-bit .so on a IA 32-bit platform]]
@@ Ligne 355: / Ligne 425: @@
+====== references ======
+  * [[http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e2/help/07/01/9464.html|Re: [R] Solaris 10 compilation issue]]
+  * [[http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e2/devel/06/11/1099.html|Re: [Rd] Making Solaris 10 x86/x64 build of R available?]]
+  * [[http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e3/help/07/12/6195.html|Re: [R] Building R on Sun Solaris 10 (SPARC) using Sun Studio 12]]
+  * [[http://vegdave.wordpress.com/2006/12/02/builld-project-r-with-hdf5-on-solaris-10-x64-in-32bit/|Builld Project R with HDF5 on Solaris 10 x64 in 32bit]]