pelicans

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pelicans [2007/08/17 18:21] – créée gerardpelicans [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 1: Ligne 1:
-PELICANS+**PELICANS**
  
-nemo+====== isis 4.1.0 ====== 
 +===== serveur judith ===== 
 +  * /local/apps/isis-4.1.0 
 +  * le répertoire doc est recopié sur le serveur web, et donc accessible sur https://www.i2m.univ-amu.fr/support/pelicans/ 
 +  * pour l'utiliser 
 +<code> 
 +[henry@judith ~]$ source /local/apps/isis-4.1.0/bin/init.csh
  
-7 avril 05+[henry@judith ~]$ isis_run -h 
 +</code> 
 + 
 +  * on peut lancer l'itnerface graphique **xisis** 
 +  * pour accéder au tutoriel depuis xisis, aller dans Preferences, pdf-open, et remplacer acroread par evince  
 + 
 +===== version parallèle ===== 
 +==== openmpi ==== 
 + 
 +installé par centos -> 1.6.4 (3.el7) 
 + 
 +==== metis ==== 
 + 
 +  * Warning: install METIS as a dynamic library ( in METIS directory, make COPTIONS=-fPIC ) 
 +  * modifier Makefile.in 
 +  * /local/apps/metis-4.0.3 
 +  * dans Lib/proto.h, on commente les déclarations de drand48, srand48 et ilog2 sinon pelicans/isis ne compilera pas 
 + 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/metis-4.0.3]$ make | & tee MAKE.LOG 
 +</code> 
 + 
 +==== pelicans sans metis ==== 
 + 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ diff PELICANS/etc/extra-Linux.mak-ori PELICANS/etc/extra-Linux.mak 
 +10c10 
 +< WITH_MPI      = 0 
 +--- 
 +> WITH_MPI      = 1 
 +148c148 
 +< MPIRUN = /home/semar/pelican/ExternalPackages/Linux/openmpi/bin/mpirun 
 +--- 
 +> MPIRUN = /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun 
 +155,156c155,156 
 +< CPPFLAGS += -I$(MPIPATH)/include 
 +< MPIPATH   = $(EXTRA_LIBS_DIR)/openmpi 
 +--- 
 +> CPPFLAGS += -I/usr/include/openmpi-x86_64 -I$(MPIPATH)/include 
 +> MPIPATH   = /usr/lib64/openmpi 
 +</code> 
 + 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make install | & tee INSTALL.LOG                   
 +... 
 + 
 +-------------------------------------------------- 
 +| Test is successful 
 +-------------------------------------------------- 
 + 
 +************************************************** 
 +* number of successful tests: 214 
 +* number of  ambiguous tests: 0 
 +* number of    failing tests: 0 
 +************************************************** 
 + 
 +*** Elapsed time in second:  
 +user 0.084841 
 + 
 + 
 +**** 
 +* target test_install completed 
 +**************************************** 
 +make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS' 
 +</code> 
 + 
 +on passe les tests MPI 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ source /local/apps/isis-4.1.0/bin/init.csh 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make test_MPI 
 +... 
 +**************************************** 
 +make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS' 
 +================================================================================= 
 +          Test MPI 
 +================================================================================= 
 + 
 +*** Operating system: Linux 
 + 
 +*** Executable: /local/apps/isis-4.1.0/ISIS/lib/Linux-gcc/opt0.exe 
 + 
 +*** Data file: /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/ExternalAPI/MPI/tests_enabling/data.pel 
 + 
 +*** PELICANS library 
 +       compiler          : gcc 
 +       compilation date  : Nov 29 2014 
 +       compilation level : opt0 
 + 
 + 
 +---------------------------------------------------- 
 +|  Unit tests performed on class PEL_Expression : 
 +==================================================== 
 +| ...                   MPI_enabling_test kind :  OK 
 +| ...             MPI_enabling_test evaluation :  OK 
 +==================================================== 
 +|  End of 2 tests of class PEL_Expression in 2.4e-05 s  
 +---------------------------------------------------- 
 + 
 +---- Success of all unit tests ----  
 + 
 +*** Elapsed time in second:  
 +user 0.00017 
 +</code> 
 + 
 +==== pelicans avec metis ==== 
 + 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ diff PELICANS/etc/extra-Linux.mak-ori PELICANS/etc/extra-Linux.mak 
 +10c10 
 +< WITH_MPI      = 0 
 +--- 
 +> WITH_MPI      = 1 
 +24c24 
 +< WITH_METIS    = 0 
 +--- 
 +> WITH_METIS    = 1 
 +148c148 
 +< MPIRUN = /home/semar/pelican/ExternalPackages/Linux/openmpi/bin/mpirun 
 +--- 
 +> MPIRUN = /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun 
 +155,156c155,156 
 +< CPPFLAGS += -I$(MPIPATH)/include 
 +< MPIPATH   = $(EXTRA_LIBS_DIR)/openmpi 
 +--- 
 +> CPPFLAGS += -I/usr/include/openmpi-x86_64 -I$(MPIPATH)/include 
 +> MPIPATH   = /usr/lib64/openmpi 
 +236c236 
 +< METISPATH = $(EXTRA_LIBS_DIR)/metis 
 +--- 
 +> METISPATH = /local/apps/metis-4.0.3 
 +</code> 
 + 
 +et on lance la compilation 
 +<code> 
 +[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make install | & tee INSTALL.LOG 
 +================================================================================= 
 +          Configuration file 
 +================================================================================= 
 +  
 +Hostname: judith.cmi.univ-mrs.fr  
 +Compiler: gcc 
 +Architecture-Makefile searched in: 
 +   /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc 
 +           judith.cmi.univ-mrs.fr-gcc 
 +           judith.cmi.univ-mrs.fr-undef 
 +           Linux_3.10.0-gcc 
 +        *  Linux-gcc    /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/Linux-gcc.mak 
 +           undef-gcc 
 +           Linux_3.10.0-undef 
 +           Linux-undef 
 +Extra-Makefile searched in: 
 +   /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc 
 +           judith.cmi.univ-mrs.fr-gcc 
 +           judith.cmi.univ-mrs.fr-undef 
 +           Linux_3.10.0-gcc 
 +           Linux-gcc 
 +           undef-gcc 
 +           Linux_3.10.0-undef 
 +        *  Linux-undef  /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/extra-Linux.mak 
 +Compiler Architecture name: Linux-gcc 
 + 
 +External libraries: 
 +   MPI: enabled 
 +   JAVA: disabled 
 +   METIS: enabled 
 +================================================================================= 
 +          Installing PELICANS, level=opt0 
 +================================================================================= 
 +... 
 +| Test is successful 
 +-------------------------------------------------- 
 +-------------------------------------------------- 
 +| ISIS/IHM/samples/WallConduction/DoRun 
 +-------------------------------------------------- 
 +| Test is successful 
 +-------------------------------------------------- 
 + 
 +************************************************** 
 +* number of successful tests: 214 
 +* number of  ambiguous tests: 0 
 +* number of    failing tests: 0 
 +************************************************** 
 + 
 +*** Elapsed time in second:  
 +user 0.068729 
 + 
 + 
 +**** 
 +* target test_install completed 
 +**************************************** 
 +make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS' 
 +</code> 
 + 
 +==== Test parallèle (tutorial) ==== 
 +on modifie le data.pel, comme indiqué dans le tutorial (p72): 
 +<code> 
 +[ghenry@holopherne RoomFire]$ grep parallel *.pel 
 +data.pel:execution_mode="parallel" 
 +[ghenry@holopherne RoomFire]$ grep splitt *.pel 
 +data.pel:splitting_strategy="METIS" 
 +</code> 
 +et on lance le calcul, sur une machine qui a 30 slots (CentOS 7, openmpi openmpi-1.6.4-3): 
 +<code> 
 +[ghenry@holopherne RoomFire]$ which mpirun 
 +/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun 
 +</code> 
 + 
 +<code> 
 +[ghenry@holopherne RoomFire]$ isis_run data.pel resu -np 2 
 +Process #0 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79758). 
 +Process #1 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79759). 
 +Process #1 : terminated. 
 +Process #0 : terminated. 
 +Process #0 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79766). 
 +Process #1 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79767). 
 +terminate called after throwing an instance of 'PEL_Exceptions::InternalError' 
 +-------------------------------------------------------------------------- 
 +mpirun noticed that process rank 1 with PID 79767 on node holopherne.cmi.univ-mrs.fr exited on signal 11 (Segmentation fault). 
 +-------------------------------------------------------------------------- 
 +</code> 
 +ce bug est dû à une mauvaise version du fichier ''CALIFS/packages/simulators/heat_transfer/src/IS_Enthalpy.cc''. On le remplace, puis: 
 +<code> 
 +make APPLI0 
 +</code> 
 +et ça passe 
 +====== pelicans ====== 
 + 
 +sur octopus: CentOS, 64bits 
 + 
 +<code> 
 +Le couplage à MUMPS (+mpi) est dispo dans PELICANS. A Cadarache, ils utilisent les librairies suivantes pour linker avec PELICANS : 
 + 
 +CPPFLAGS += -I$(MUMPS)/include 
 +LIBPATH  += $(MUMPS)/lib 
 + 
 +SCALAP = -L$(SCALAPACK)/lib -lscalapack  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC 
 +LIBBLAS = -lblas -llapack -lmpi_f77 -lmpi_f90 
 +LDLIBS   +=  -ldmumps -lmumps_common ${SCALAP} ${LIBBLAS}  -lpord 
 + 
 +</code> 
 + 
 +<code> 
 +/usr/lib/libscalapack.so.1 
 +/usr/lib/libmpiblacs.so.1 
 +/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1 
 +/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1.0.0 
 +/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1 
 +/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1.0.0 
 +/usr/lib64/libblas.so.3 
 +/usr/lib/liblapack.so.3.0.3 
 +/usr/lib64/liblapack.so.3 
 + 
 + 
 +</code> 
 + 
 + 
 +sur nemo: solaris 10, amd64 
 + 
 +====== 9 jan 09 utilisation de stlport4 ====== 
 +pour contourner le problème suivant avec la librairie standard ancienne: 
 +<code> 
 +"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 205: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool). 
 +</code> 
 + 
 +__modifications de SunOS-CC.mak__ 
 +<code> 
 +24c24 
 +< CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC 
 +--- 
 +> CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC -library=stlport4 
 +35c35 
 +< LDLIBSSO =  -lCstd -lCrun 
 +--- 
 +> LDLIBSSO =  -library=stlport4 -lCrun 
 +</code> 
 + 
 +ensuite, il faut faire un certain nombre de modifs sur les sources, essentiellement pour ajouter "using namespace std;" 
 + 
 +[[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/reseau/calcul/pelicanssvn.diff|PelicansSVN.diff]] 
 + 
 + 
 +à propos du comportment du compilateur CC:  
 +  * [[http://forums.sun.com/thread.jspa?messageID=10567417]] 
 +  * http://developers.sun.com/solaris/articles/cmp_stlport_libCstd.html 
 +  * http://docs.sun.com/source/820-4155/c++_faq.html 
 + 
 + 
 + 
 +====== 8 jan 09 utilisation de Apache C++ stdlib ====== 
 + 
 +__modifications__ 
 +<code> 
 +nemo-henry% diff /tmp/SunOS-CC.mak local_arch_64/SunOS-CC.mak 
 +24c24 
 +< CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC 
 +--- 
 +> CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC -I/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/include 
 +29c29,30 
 +< LDFLAGS += $(OPT) -KPIC 
 +--- 
 +> LDFLAGS += $(OPT) -KPIC -R/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/ -L/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/ 
 +>  
 +35c36 
 +< LDLIBSSO =  -lCstd -lCrun 
 +--- 
 +> LDLIBSSO = -library=%none -lstd15D#-lCstd -lCrun 
 +</code> 
 + 
 + 
 +__erreur à la compilation__ 
 +<code> 
 +"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 205: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool). 
 +"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 207: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool). 
 +"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 480: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*). 
 +"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 482: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*). 
 +4 Error(s) detected. 
 +make[1]: *** [/local/henry/PelicansSVN/lib/SunOS-CC/opt2/PDE_BasisFunctionCell.o] Error 4 
 + 
 +</code> 
 + 
 + 
 +====== 7 avril 05 ====== 
 + 
 + 
 +====== 2 mai 05 qq remarques: ====== 
 + 
 +- l. chailan me parle d'opengl, mais c'est a 0 dans extra-sunos.mak?! 
 +- ca compile avec le flag EXTENDED_MATH mais ca ne linke jamais avec la perflib de sun? 
 + 
 +====== 19 avril 05 creation d'un compte pelicans ====== 
 +<code> 
 +accessible par les gens de l'irsn 
 +sur nemo, mon repertoire PELICANS est recopie dans /local/pelicans/PELICANS 
 +il y a des erreurs pendant la copie: 
 +nemo-root% cp -rp ~henry/PELICANS /local/pelicans/ 
 +cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fem/doc/save.gene 
 +cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fem/doc/visu 
 +cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fvm/doc/save.gene 
 +cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fvm/doc/visu 
 +cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Helmholtz_Galerkin/tests/sincos/doc/save.gene 
 + 
 +c'est parce que: 
 +nemo-root% ll /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/doc/visu 
 +   2 lrwxrwxrwx   1 henry    sysadmin      99 Apr 13 08:26 /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/doc/visu -> /home/semar/pelican/CURRENT/StandardApplications/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/visu 
 + 
 +la doc pointe sur un rep qui n'existe pas 
 +</code> 
 +====== 13 avril 05: installation de pelicans ====== 
 +<code> 
 +plateforme: amd64 
 +OS: SunOS 
 +compilateur: cc 
 + 
 +- utiliser gmake au lieu de make 
 +- creer un fichier SunOS-CC.mak et extra-SunOS.mak dans $PELARCHDIR 
 +- ajouter les variables d'environnment: 
 +CCC=CC 
 +PELARCHDIR=... 
 +- gmake -e environment 
 +- pel arch -v CC 
 +- gmake -e all >& MAKE-CC.LOG 
 +- gmake -e check >& CHEK-CC.LOG 
 + 
 +Le fichier CHEK-CC.LOG contient 23 "FATAL ERROR"! 
 +</code>
  
-file:///pelicans/pelicans/doc/Site/index.html 
  
-http://www.latp.univ-mrs.fr/reseau/calcul/pelicans.txt 
  
  
  • pelicans.1187367686.txt.gz
  • Dernière modification : 2017/08/25 09:55
  • (modification externe)