Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- pelicans [2009/01/09 07:37] – gerard
+++ pelicans [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
 **PELICANS**
+====== isis 4.1.0 ======
+===== serveur judith =====
+  * /local/apps/isis-4.1.0
+  * le répertoire doc est recopié sur le serveur web, et donc accessible sur https://www.i2m.univ-amu.fr/support/pelicans/
+  * pour l'utiliser
+<code>
+[henry@judith ~]$ source /local/apps/isis-4.1.0/bin/init.csh
+[henry@judith ~]$ isis_run -h
+</code>
+  * on peut lancer l'itnerface graphique **xisis**
+  * pour accéder au tutoriel depuis xisis, aller dans Preferences, pdf-open, et remplacer acroread par evince
+===== version parallèle =====
+==== openmpi ====
+installé par centos -> 1.6.4 (3.el7)
+==== metis ====
+  * Warning: install METIS as a dynamic library ( in METIS directory, make COPTIONS=-fPIC )
+  * modifier Makefile.in
+  * /local/apps/metis-4.0.3
+  * dans Lib/proto.h, on commente les déclarations de drand48, srand48 et ilog2 sinon pelicans/isis ne compilera pas
+<code>
+[devel1@judith ~/metis-4.0.3]$ make | & tee MAKE.LOG
+</code>
+==== pelicans sans metis ====
+<code>
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ diff PELICANS/etc/extra-Linux.mak-ori PELICANS/etc/extra-Linux.mak
+c10
+< WITH_MPI      = 0
+---
+> WITH_MPI      = 1
+c148
+< MPIRUN = /home/semar/pelican/ExternalPackages/Linux/openmpi/bin/mpirun
+---
+> MPIRUN = /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun
+,156c155,156
+< CPPFLAGS += -I$(MPIPATH)/include
+< MPIPATH   = $(EXTRA_LIBS_DIR)/openmpi
+---
+> CPPFLAGS += -I/usr/include/openmpi-x86_64 -I$(MPIPATH)/include
+> MPIPATH   = /usr/lib64/openmpi
+</code>
+<code>
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make install | & tee INSTALL.LOG
+...
+--------------------------------------------------
+| Test is successful
+--------------------------------------------------
+**************************************************
+* number of successful tests: 214
+* number of  ambiguous tests: 0
+* number of    failing tests: 0
+**************************************************
+*** Elapsed time in second:
+user 0.084841
+****
+* target test_install completed
+****************************************
+make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS'
+</code>
+on passe les tests MPI
+<code>
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ source /local/apps/isis-4.1.0/bin/init.csh
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make test_MPI
+...
+****************************************
+make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS'
+=================================================================================
+          Test MPI
+=================================================================================
+*** Operating system: Linux
+*** Executable: /local/apps/isis-4.1.0/ISIS/lib/Linux-gcc/opt0.exe
+*** Data file: /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/ExternalAPI/MPI/tests_enabling/data.pel
+*** PELICANS library
+       compiler          : gcc
+       compilation date  : Nov 29 2014
+       compilation level : opt0
+----------------------------------------------------
+|  Unit tests performed on class PEL_Expression :
+====================================================
+| ...                   MPI_enabling_test kind :  OK
+| ...             MPI_enabling_test evaluation :  OK
+====================================================
+|  End of 2 tests of class PEL_Expression in 2.4e-05 s
+----------------------------------------------------
+---- Success of all unit tests ----
+*** Elapsed time in second:
+user 0.00017
+</code>
+==== pelicans avec metis ====
+<code>
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ diff PELICANS/etc/extra-Linux.mak-ori PELICANS/etc/extra-Linux.mak
+c10
+< WITH_MPI      = 0
+---
+> WITH_MPI      = 1
+c24
+< WITH_METIS    = 0
+---
+> WITH_METIS    = 1
+c148
+< MPIRUN = /home/semar/pelican/ExternalPackages/Linux/openmpi/bin/mpirun
+---
+> MPIRUN = /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun
+,156c155,156
+< CPPFLAGS += -I$(MPIPATH)/include
+< MPIPATH   = $(EXTRA_LIBS_DIR)/openmpi
+---
+> CPPFLAGS += -I/usr/include/openmpi-x86_64 -I$(MPIPATH)/include
+> MPIPATH   = /usr/lib64/openmpi
+c236
+< METISPATH = $(EXTRA_LIBS_DIR)/metis
+---
+> METISPATH = /local/apps/metis-4.0.3
+</code>
+et on lance la compilation
+<code>
+[devel1@judith ~/isis-4.1.0]$ make install | & tee INSTALL.LOG
+=================================================================================
+          Configuration file
+=================================================================================
+Hostname: judith.cmi.univ-mrs.fr
+Compiler: gcc
+Architecture-Makefile searched in:
+   /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc
+           judith.cmi.univ-mrs.fr-gcc
+           judith.cmi.univ-mrs.fr-undef
+           Linux_3.10.0-gcc
+        *  Linux-gcc    /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/Linux-gcc.mak
+           undef-gcc
+           Linux_3.10.0-undef
+           Linux-undef
+Extra-Makefile searched in:
+   /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc
+           judith.cmi.univ-mrs.fr-gcc
+           judith.cmi.univ-mrs.fr-undef
+           Linux_3.10.0-gcc
+           Linux-gcc
+           undef-gcc
+           Linux_3.10.0-undef
+        *  Linux-undef  /local/apps/isis-4.1.0/PELICANS/etc/extra-Linux.mak
+Compiler Architecture name: Linux-gcc
+External libraries:
+   MPI: enabled
+   JAVA: disabled
+   METIS: enabled
+=================================================================================
+          Installing PELICANS, level=opt0
+=================================================================================
+...
+| Test is successful
+--------------------------------------------------
+--------------------------------------------------
+| ISIS/IHM/samples/WallConduction/DoRun
+--------------------------------------------------
+| Test is successful
+--------------------------------------------------
+**************************************************
+* number of successful tests: 214
+* number of  ambiguous tests: 0
+* number of    failing tests: 0
+**************************************************
+*** Elapsed time in second:
+user 0.068729
+****
+* target test_install completed
+****************************************
+make[1]: Leaving directory `/local/apps/isis-4.1.0/ISIS'
+</code>
+==== Test parallèle (tutorial) ====
+on modifie le data.pel, comme indiqué dans le tutorial (p72):
+<code>
+[ghenry@holopherne RoomFire]$ grep parallel *.pel
+data.pel:execution_mode="parallel"
+[ghenry@holopherne RoomFire]$ grep splitt *.pel
+data.pel:splitting_strategy="METIS"
+</code>
+et on lance le calcul, sur une machine qui a 30 slots (CentOS 7, openmpi openmpi-1.6.4-3):
+<code>
+[ghenry@holopherne RoomFire]$ which mpirun
+/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun
+</code>
+<code>
+[ghenry@holopherne RoomFire]$ isis_run data.pel resu -np 2
+Process #0 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79758).
+Process #1 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79759).
+Process #1 : terminated.
+Process #0 : terminated.
+Process #0 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79766).
+Process #1 : launched on holopherne.cmi.univ-mrs.fr (79767).
+terminate called after throwing an instance of 'PEL_Exceptions::InternalError'
+--------------------------------------------------------------------------
+mpirun noticed that process rank 1 with PID 79767 on node holopherne.cmi.univ-mrs.fr exited on signal 11 (Segmentation fault).
+--------------------------------------------------------------------------
+</code>
+ce bug est dû à une mauvaise version du fichier ''CALIFS/packages/simulators/heat_transfer/src/IS_Enthalpy.cc''. On le remplace, puis:
+<code>
+make APPLI0
+</code>
+et ça passe
+====== pelicans ======
+sur octopus: CentOS, 64bits
+<code>
+Le couplage à MUMPS (+mpi) est dispo dans PELICANS. A Cadarache, ils utilisent les librairies suivantes pour linker avec PELICANS :
+CPPFLAGS += -I$(MUMPS)/include
+LIBPATH  += $(MUMPS)/lib
+SCALAP = -L$(SCALAPACK)/lib -lscalapack  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC
+LIBBLAS = -lblas -llapack -lmpi_f77 -lmpi_f90
+LDLIBS   +=  -ldmumps -lmumps_common ${SCALAP} ${LIBBLAS}  -lpord
+</code>
+<code>
+/usr/lib/libscalapack.so.1
+/usr/lib/libmpiblacs.so.1
+/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1
+/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1.0.0
+/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1
+/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1.0.0
+/usr/lib64/libblas.so.3
+/usr/lib/liblapack.so.3.0.3
+/usr/lib64/liblapack.so.3
+</code>
@@ Ligne 31: / Ligne 294: @@
   * http://developers.sun.com/solaris/articles/cmp_stlport_libCstd.html
   * http://docs.sun.com/source/820-4155/c++_faq.html
+====== 8 jan 09 utilisation de Apache C++ stdlib ======
+__modifications__
+<code>
+nemo-henry% diff /tmp/SunOS-CC.mak local_arch_64/SunOS-CC.mak
+c24
+< CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC
+---
+> CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC -I/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/include
+c29,30
+< LDFLAGS += $(OPT) -KPIC
+---
+> LDFLAGS += $(OPT) -KPIC -R/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/ -L/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/
+>
+c36
+< LDLIBSSO =  -lCstd -lCrun
+---
+> LDLIBSSO = -library=%none -lstd15D#-lCstd -lCrun
+</code>
+__erreur à la compilation__
+<code>
+"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 205: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool).
+"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 207: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool).
+"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 480: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*).
+"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 482: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*).
+Error(s) detected.
+make[1]: *** [/local/henry/PelicansSVN/lib/SunOS-CC/opt2/PDE_BasisFunctionCell.o] Error 4
+</code>
 ====== 7 avril 05 ======
@@ Ligne 41: / Ligne 339: @@
 ====== 19 avril 05 creation d'un compte pelicans ======
+<code>
-accessible par les gensd de l'irsn
+accessible par les gens de l'irsn
 sur nemo, mon repertoire PELICANS est recopie dans /local/pelicans/PELICANS
 il y a des erreurs pendant la copie:
@@ Ligne 57: / Ligne 355: @@
 la doc pointe sur un rep qui n'existe pas
+</code>
 ====== 13 avril 05: installation de pelicans ======
+<code>
 plateforme: amd64
 OS: SunOS
@@ Ligne 74: / Ligne 373: @@
 Le fichier CHEK-CC.LOG contient 23 "FATAL ERROR"!
+</code>