• /local/apps/isis-4.1.0
• le répertoire doc est recopié sur le serveur web, et donc accessible sur https://www.i2m.univ-amu.fr/support/pelicans/
• pour l'utiliser

[henry@judith ~]$ source /local/apps/isis-4.1.0/bin/init.csh

[henry@judith ~]$ isis_run -h

• : ajouter MPI, METIS, et java ?
• on peut lancer l'itnerface graphique xisis
• pour accéder au tutoriel depuis xisis, aller dans Preferences, pdf-open, et remplacer acroread par evince

sur octopus: CentOS, 64bits

Le couplage à MUMPS (+mpi) est dispo dans PELICANS. A Cadarache, ils utilisent les librairies suivantes pour linker avec PELICANS :

CPPFLAGS += -I$(MUMPS)/include
LIBPATH  += $(MUMPS)/lib

SCALAP = -L$(SCALAPACK)/lib -lscalapack  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC  -lblacs -lblacsF77 -lblacsC
LIBBLAS = -lblas -llapack -lmpi_f77 -lmpi_f90
LDLIBS   +=  -ldmumps -lmumps_common ${SCALAP} ${LIBBLAS}  -lpord

/usr/lib/libscalapack.so.1
/usr/lib/libmpiblacs.so.1
/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1
/usr/lib/libmpiblacsCinit.so.1.0.0
/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1
/usr/lib/libmpiblacsF77init.so.1.0.0
/usr/lib64/libblas.so.3
/usr/lib/liblapack.so.3.0.3
/usr/lib64/liblapack.so.3

sur nemo: solaris 10, amd64

pour contourner le problème suivant avec la librairie standard ancienne:

"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 205: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool).

modifications de SunOS-CC.mak

24c24
< CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC
---
> CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC -library=stlport4
35c35
< LDLIBSSO =  -lCstd -lCrun
---
> LDLIBSSO =  -library=stlport4 -lCrun

ensuite, il faut faire un certain nombre de modifs sur les sources, essentiellement pour ajouter “using namespace std;”

PelicansSVN.diff

à propos du comportment du compilateur CC:

• http://forums.sun.com/thread.jspa?messageID=10567417
• http://developers.sun.com/solaris/articles/cmp_stlport_libCstd.html
• http://docs.sun.com/source/820-4155/c++_faq.html

modifications

nemo-henry% diff /tmp/SunOS-CC.mak local_arch_64/SunOS-CC.mak
24c24
< CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC
---
> CXXFLAGS += $(OPT) -KPIC -I/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/include
29c29,30
< LDFLAGS += $(OPT) -KPIC
---
> LDFLAGS += $(OPT) -KPIC -R/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/ -L/local/apps/lib/amd64/APACHE-4.2.1/lib/
> 
35c36
< LDLIBSSO =  -lCstd -lCrun
---
> LDLIBSSO = -library=%none -lstd15D#-lCstd -lCrun

erreur à la compilation

"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 205: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool).
"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 207: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_child_parent_relationship(PDE_BasisFunctionCell*, double, bool).
"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 480: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*).
"/local/henry/PelicansSVN/PDEsolver/src/PDE_BasisFunctionCell.cc", line 482: Error: Could not find a match for std::count<std::InputIterator, std::T, std::Size>(PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell**, PDE_BasisFunctionCell*) needed in PDE_BasisFunctionCell::set_ascendant_relationship(PDE_BasisFunctionCell*).
4 Error(s) detected.
make[1]: *** [/local/henry/PelicansSVN/lib/SunOS-CC/opt2/PDE_BasisFunctionCell.o] Error 4

- l. chailan me parle d'opengl, mais c'est a 0 dans extra-sunos.mak?! - ca compile avec le flag EXTENDED_MATH mais ca ne linke jamais avec la perflib de sun?

accessible par les gens de l'irsn
sur nemo, mon repertoire PELICANS est recopie dans /local/pelicans/PELICANS
il y a des erreurs pendant la copie:
nemo-root% cp -rp ~henry/PELICANS /local/pelicans/
cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fem/doc/save.gene
cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fem/doc/visu
cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fvm/doc/save.gene
cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Tutorial/tests/fvm/doc/visu
cp: cannot access /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/Helmholtz_Galerkin/tests/sincos/doc/save.gene

c'est parce que:
nemo-root% ll /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/doc/visu
   2 lrwxrwxrwx   1 henry    sysadmin      99 Apr 13 08:26 /local/henry/PELICANS/07_04_2005/doc/Site/APPLICATION_Documentations/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/doc/visu -> /home/semar/pelican/CURRENT/StandardApplications/NavierStokes_StaggeredGrid/tests/Poiseuille3D/visu

la doc pointe sur un rep qui n'existe pas

plateforme: amd64
OS: SunOS
compilateur: cc

- utiliser gmake au lieu de make
- creer un fichier SunOS-CC.mak et extra-SunOS.mak dans $PELARCHDIR
- ajouter les variables d'environnment:
CCC=CC
PELARCHDIR=...
- gmake -e environment
- pel arch -v CC
- gmake -e all >& MAKE-CC.LOG
- gmake -e check >& CHEK-CC.LOG

Le fichier CHEK-CC.LOG contient 23 "FATAL ERROR"!