Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- calcul [2013/03/06 15:50] – [le script] gerard
+++ calcul [2023/04/25 09:47] (Version actuelle) – chabrol
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-====== Moyens pour le calcul scientifique au LATP ======
+====== Moyens pour le calcul scientifique à l'I2M ======
-===== Informations =====
-  * Une [[http://www.latp.univ-mrs.fr/mailman/listinfo/calcul|liste]] de diffusion pour poser des questions, et se tenir au courant des évolutions sur les serveurs du LATP
-  * Exemple d'[[http://www.mhpcc.edu/training/workshop/parallel_intro/|introduction à la programmation parallèle]]
-  * Notes pour le [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/doku.php?id=master2|Master2]] EDP-AN
 ===== Le matériel =====
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 ==== Ressources locales ====
-^  Nom de la machine  ^  Os  ^  processeur  ^ nombre de coeurs ^ fréquence processeur ^ mémoire ^
+^  Nom de la machine  ^  Os  ^  processeur  ^ nombre de coeurs ^ fréquence processeur ^ mémoire ^ IP ^
-|  <del>slatp</del> arrêtée depuis sept 10 (( car machine 32 bits obsolète, consommation inutile ))  |  Linux  |  Xeon 32 bits |  2  |  3.06GHz  |  2 Go  |
+| [[serveur:signal|signal]] | Ubuntu 22.04  | E5-2698 v3 (2 hexa-coeurs) |  32 |  2.3GHz   |  192 Go  | signal.i2m.univ-amu.fr |
-|  <del>shrek</del> arrêtée depuis sept 10 |  Linux  |  Xeon 32 bits |  2  |  3.06GHz  |  2 Go  |
+| [[reserve:5STZGD2|t630-2]] | Ubuntu 20.04  | E5-2680 v4 (2* 14 coeurs) |  28 |  2.4GHz   |  256 Go  | t630-2.i2m.univ-amu.fr |
-|  <del>nemo</del>charybde et scylla (( nemo est utilisé pout le [[sgd|SGD]] )) |  <del>Solaris</del>CentOS  |  <del>Amd 848</del> 64 bits |  4  |  2.4 GHz  |  8 Go  |
+| [[reserve:serveurs:core2|core2]] | Ubuntu 18.04  | E5-2683 v4 (28 cœurs) |  28 |  3GHz   |  256 Go  | |
-|  [[reserve:octopus]]  |  Linux  |  Xeon X5570 (2 quadri-coeurs) |  8 (hyper threading désactivé)  |  2.93 Ghz  |  24 Go  |
+| [[reserve:serveurs:core3|core3]] | Ubuntu 20.04  | Intel(R) Xeon(R) Gold 6230R (2 x 26 cœurs) |  52 |  2.10GHz   |  256 Go  | |
+| [[reserve:serveurs:core4|core4]] | Ubuntu 20.04  | Intel(R) Xeon(R) Gold 6230R (2 x 26 cœurs) |  52 |  2.10GHz   |  256 Go  | |
+| [[reserve:serveurs:core5|core5]] | Ubuntu 20.04  | Intel(R) Xeon(R) Gold 6230R (2 x 26 cœurs) |  52 |  2.10GHz   |  256 Go  | |
+| [[reserve:serveurs:gpu1|gpu1]] | Ubuntu 20.04  | Intel(R) Xeon(R) Bronze 3204 (2 x 6 cœurs) + [[https://www.nvidia.com/fr-fr/data-center/tesla-v100/|Tesla V100S PCIe 32GB]]|  12 |  1.9GHz   |  188 Go  | |
+Ancienne marchine qui ne marchent plus : octopus et holopherne
+==== Répertoire personnel ====
+''HOME_DIR'' monté, sur le serveur **signal** est le même que celui sur www.i2m.univ-amu.fr, pour récupérer vos "anciennes" données se connecter sur [[protis.i2m.univ-amu.fr]] et faire un scp.
+''HOME_DIR'' monté, sur le serveur **t630-2** est le même que celui sur protis.i2m.univ-amu.fr.
-Un [[https://www2/ganglia|coup d'oeil]] sur la charge des ressources de calcul (en local seulement, merci de signaler tout problème à [[calcul@latp.univ-mrs.fr]])
+/*
+Un [[https://www2/ganglia|coup d'oeil]] sur la charge des ressources de calcul (en local seulement, merci de signaler tout problème à [[i2m-support@univ-amu.fr]])
 ==== Ressources complémentaires ====
   * [[http://mmg.cnrs-mrs.fr|Marseille Meso-grille]]
-  * [[grille]] accès depuis le LATP
+  * [[grille]] accès depuis le réseau du laboratoire
+  * [[http://www.cpu-world.com/Compare_CPUs/Intel_CM8064401438110,Intel_CM8063501454002,Intel_AT80604004869AA/?|comparaison sur les processeurs]]
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 qsub -q small ./script.sh
 </code>
-  * qsub est la commande pour soumettre la t^che. Lorsque la tâche est terminée, on reçoit un mail
+  * qsub est la commande pour soumettre la tâche. Lorsque la tâche est terminée, on reçoit un mail
-  * small est le nom d'une des queues disponibles (voir ? pour la liste des qsueues disponibles)
+  * //small// est le nom d'une des queues disponibles (voir ''qconf -sql'' ou ''status -a'' pour la liste des queues disponibles)
-  * le troisième argument est un script contenant le programme à exécuter (programme fortran, C, etc... ou scliab, matlab, ...)
+  * le troisième argument est un script contenant le programme à exécuter (programme fortran, C, etc... ou scilab, matlab, ...)
-Cette commande doit être lancée depuis nemo
+Cette commande peut être lancée depuis une des machinées citées plus haut, ou penelope.
+__Mode paramétrique__
+Si on veut lancer plusieurs fois le même programme en faisant varier un paramètre, il faut lancer la commande suivante:
+<code>
+qsub -t 40-100:10 -q big calculs/test-schroedinger-first-order.sh
+</code>
+Ici, on va avoir un paramètre qui varie de 40 à 100 par pas de 10. Ce paramètre est récupéré dans le script de lancement de la façon suivante:
+<code>
+#!/bin/sh
+#
+#$ -S /bin/sh
+#$ -N "Schroedinger"
+#$ -M bradji@cmi.univ-mrs.fr,henry@cmi.univ-mrs.fr
+#$ -m be
+/local/apps/scilab-5.4.0/bin/scilab -nwni -f /home/bradji/calculs/test-schroedinger-first-order.sce -args "N=$((SGE_TASK_ID))"
+</code>
+le script Scilab contient la ligne (la ligne de commandes contient 6 items):
+<code>
+args = sciargs();
+disp(args(6));
+N=sscanf(args(6), 'N=%d');
+disp(N);
+</code>
+d'autres possibilités avec SGE sur [[http://arc.liv.ac.uk/SGE/howto/sge-array.html]]
 ==== les queues ====
 ^ nom ^ ressources ^ choix ^
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 #$ -m be
-/local/apps/scilab-5.2.0/bin/scilab -nwni -f /home/henry/Simulations/monprog.sce
+. /etc/profile.d/modules.sh
+module purge scilab
+module load scilab/5.4.0
+scilab -nwni -f /home/henry/Simulations/monprog.sce
 </code>
 ou avec matlab (mais ne fonctionnera pas sur holopherne car il n y a pas licence sur ce serveur)
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 export LC_ALL=en_US.UTF-8
-/net/fury/donnees/provisoire/logiciels/linux/local/matlab-r2012a/bin/matlab -nodesktop -nodisplay -nojvm < /home/henry/Simulations/monprog.m
+. /etc/profile.d/modules.sh
+module purge matlab
+module load matlab/7.13
+matlab -nodesktop -nodisplay -nojvm < /home/henry/Simulations/monprog.m
 </code>
 <note important>Quand SGE lance le script, il est dans le homedir (i.e. /home/henry). Il faut donc donner le chemin des fichiers, en absolu comme ici, ou en relatif par rapport au homedir</note>
+On soumet le job:
+<code>
+qsub -q small -v a=0 -v fa=-5 script.sh
+</code>
+(ici en passant deux variables d'environnement voir [[http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/101717-is-it-possible-to-pass-a-matlab-file-that-requires-an-input-argument-to-matlab-in-batch-mode-under-u]])
+\\
+Le système répond:
+<code>
+Your job NNNN ("sujet_du_message") has been submitted
+</code>
+et crée 2 fichiers sujet_du_message.oNNNN et sujet_du_message.eNNNN dans votre homedir
 Une [[http://iusti.polytech.univ-mrs.fr/~jobic/dokuwiki/doku.php?id=sge|description]] plus des détaillées des commandes disponibles pour surveiller l'exécution des tâches
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 </code>
+===== Informations =====
+  * Exemple d'[[http://www.mhpcc.edu/training/workshop/parallel_intro/|introduction à la programmation parallèle]]
+  * Notes pour le [[https://www.i2m.univ-amu.fr/~henry/doku.php?id=master2|Master2]] EDP-AN
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