Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- hypre [2008/04/09 14:07] – ancienne révision restaurée gerard
+++ hypre [2017/08/25 09:56] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 7: / Ligne 7: @@
   * /local/henry/hypre-1.6.0-amd64/src/hypre compilé avec Sun MPI
   * les exemples et la doc sont accessibles: /local/henry/hypre-1.6.0/src et /local/henry/hypre-1.6.0/docs
 ====== Version 2.0.0 ======
   * installé sur nemo
-  * /local/apps/src/hypre-2.0.0/src
+^ chemin ^ précision ^ script pour recompiler ^ features ^ compilateurs ^ MPI ^
+| /local/henry/hypre-2.0.0/src/hypre/lib | 32bits | /local/henry/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | sans babel | sunstudio | Sun HPC 6.0 |
+| /local/apps/lib/hypre/2.0.0/openmpi/sun/1.3.3/ | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32_openmpi.sh | ? | SS12u1 | HPC8.2 (openmpi de sun) |
+| /local/apps/debug | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32_debug.sh | avec babel | studio12 | SUNWhpc |
+| /local/apps/lib | 32bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work32.sh | avec babel | studio12 | SUNWhpc |
+| /local/apps/lib/amd64/ss12 | 64bits | /local/apps/src/ss12/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | sans babel? | sunstudio 12 |  Sun HPC 6.0 |
+| /local/apps/lib/amd64/opt0 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work_opt0.sh | sans babel | studio12 | SUNWhpc |
+| /local/apps/hypre/2.0.0/hpc6/lib/amd64 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work.sh | avec babel | studio12 | HPC6.0 |
+| /local/apps/hypre/2.0.0/hpc6/lib/amd64/opt0 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_workopt0.sh | a cause de l'underscore dans l'interface C/fortran, avec babel | studio12 | HPC6.0 |
+| /local/apps/lib/hypre/2.0.0/openmpi/sun/1.3.3/amd64 | 64bits | /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/do_work64_openmpi.sh | ? | SS12u1 | HPC8.2 (openmpi de sun) |
+| | | /local/apps/src/hypre-2.2.0b/src/do_work_opt0.sh | | | |
+===== Exemples =====
   * les exemples dans /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/examples
-  * le configure se fait à partir du script [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work32.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work32.sh]] (32 bits par defaut), et [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work.sh]] (en 64 bits)
+<del>  * le configure se fait à partir du script
+[[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work32.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work32.sh]] (32 bits par defaut), et [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~henry/Solaris/hypre/do_work.sh|/local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work.sh]] (en 64 bits)</del>
   * penser à utiliser le compilateur Studio 12, avec la commande
-<code>
-> module load ss12
+<code>
+module load ss12
 </code>
 Le **path** idéal devrait au moins contenir:
 <code>
 PATH=/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/bin::/usr/local/wrapper/bin:/opt/SUNWhpc/bin
 </code>
+  * [[hypre_patches|patches]]
+==== ex1 ====
-  * testé l'exemple ex1 dans le repertoire exemples:
+  * testé l'exemple ex1 dans le repertoire exemples (utiliser Makefile pour une version 32 bits et M64 pour 64 bits):
 <code>
 nemo-henry% mprun -np 2 ex1
@@ Ligne 49: / Ligne 69: @@
 </code>
-===== Modifications =====
+==== ex5 ====
+avec SS12u1 et HPC6.0
+<code>
+mpcc -g  -m64 -I$HYPRE/include -DHAVE_CONFIG_H -DHYPRE_TIMING -c ex5.c
+mpcc -m64 -fast -fsimple=0 -fns=no -xnolibmopt -o ex5 ex5.o -g  -L$HYPRE/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk
+mprun -np 4 ex5
+</code>
-  * modifié le Makefile du répertoire exemples pour que ça marche:
+==== ex5b77 ====
+en 64 bits:
 <code>
-nemo-henry% diff Makefile-dist Makefile
+nemo-henry% module purge; module load hypre2.0.0_hpc6
-,6c4,6
+nemo-henry% mpf77 -g -m64 -dalign -I$HYPRE/include -DHAVE_CONFIG_H -DHYPRE_TIMING -c ex5b77.f
+nemo-henry% mpf77 -v -m64 -fast -fsimple=0 -fns=no -xnolibmopt -xalias=actual -dalign -o ex5b77 ex5b77.o -L$HYPRE/lib -lbHYPREClient-C -lbHYPREClient-CX -lbHYPREClient-F -lbHYPRE -lsidl -ldl -lxml2 -lmpi -g -R$HYPRE/lib -L$HYPRE/lib -lHYPRE -lmpi -xlic_lib=sunperf
+</code>
+====== Modifications ======
+  * récupérer le répertoire exemples et modifier le Makefile:
+<code>
+nemo-henry% diff Makefile-ori Makefile
+,7c4,7
 < CC        = mpicc
 < F77       = mpif77
 < CXX       = mpiCC
+< HYPRE_DIR = ../hypre
 ---
 > CC        = mpcc
 > F77       = mpf77
 > CXX       = mpCC
+> HYPRE_DIR = /local/apps/lib
 c12
 < COPTS     = -g -pedantic -Wall
@@ Ligne 78: / Ligne 115: @@
 >  -L/opt/SUNWhpc/lib \
 >  -lmpi
-a40
->
 </code>
@@ Ligne 131: / Ligne 167: @@
 <
 </code>
-===== problèmes =====
-==== interface babel ne compile pas ====
+====== problèmes ======
+===== version 2.2.0b zero-sized struct/union cc: acomp failed =====
+cette erreur:
+<code>
+  mpcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I. -I/usr/include/libxml2 -I/usr/java/include -I/usr/java/include/solaris -I./../sidlx -xO3 -xdepend -xprefetch=auto -xprefetch_level=3 -xvector -ftrap=common -m64 -D_REENTRANT -c sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c  -KPIC -DPIC -o .libs/sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.o
+"sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.h", line 75: zero-sized struct/union
+cc: acomp failed for sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c
+make[3]: *** [sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.lo] Error 1
+</code>
+est [[http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=5182898|prise en compte]] dans Studio 12, donc il faut ajouter -features=extensions
+===== interface babel ne compile pas =====
 Pour compiler avec l'interface babel, il suffit d'ajouter "--with-babel" sur la ligne configure, dans do_work.sk.
 Mais la compilation échoue à cause du problème suivant:
@@ Ligne 155: / Ligne 202: @@
 <del>Pour l'instant, pas d'interface babel...</del>
 Les hacks ont été faits par [[http://www.latp.univ-mrs.fr/~jobic/dokuwiki/doku.php?id=hypre#interface_babel|Yann]]
+\\
+Attention, pour utiliser les libs optimisées du constructeur (sun perflib), ne pas oublier les lignes suivantes en argument du configure:
+<code>
+> --with-blas-libs="sunperf" \
+> --with-blas-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \
+> --with-lapack-libs="sunperf" \
+> --with-lapack-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \
+</code>
-==== Utilisation de l'interface babel ====
+===== problème avec underscore =====
+quand a on ce type d'erreur:
+<code>
+Undefined                       first referenced
+ symbol                             in file
+mpi_finalize_                       benchencours.o
+bhypre_mpicommunicator_createf_f_   benchencours.o
+bhypre_boomeramg_setoperator_f_     benchencours.o
+bhypre_ijparcsrmatrix_destroy_f_    benchencours.o
+</code>
+cela signifie qu'une ligne de compilation
+====== Utilisation de l'interface babel ======
 Comme cela manque d'exemples, il faut fouiller dans les sources de hypre. On peut s'inspirer de:
   * src/test/f77_ij_b.f