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Version 1.6.0
- installée sur nemo
- /usr/local/hypre-1.6.0 compilée avec Mpich 1.2.6
- /local/henry/hypre-1.6.0-amd64/src/hypre compilé avec Sun MPI
- les exemples et la doc sont accessibles: /local/henry/hypre-1.6.0/src et /local/henry/hypre-1.6.0/docs
Version 2.0.0
- installé sur nemo
- /local/apps/src/hypre-2.0.0/src
- les exemples dans /local/apps/src/hypre-2.0.0/src/examples
- le configure se fait à partir du script /local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work32.sh (32 bits par defaut), et /local/apps/src/hypre-2.0.0/do_work.sh (en 64 bits)
- penser à utiliser le compilateur Studio 12, avec la commande
module load ss12
Le path idéal devrait au moins contenir:
PATH=/opt/studio12/SUNWspro/bin:/usr/bin::/usr/local/wrapper/bin:/opt/SUNWhpc/bin
- testé l'exemple ex1 dans le repertoire exemples:
nemo-henry% mprun -np 2 ex1 <C*b,b>: 1.800000e+01 Iters ||r||_C conv.rate ||r||_C/||b||_C ----- ------------ --------- ------------ 1 2.509980e+00 0.591608 5.916080e-01 2 9.888265e-01 0.393958 2.330686e-01 3 4.572262e-01 0.462393 1.077693e-01 4 1.706474e-01 0.373223 4.022197e-02 5 7.473022e-02 0.437922 1.761408e-02 6 3.402624e-02 0.455321 8.020061e-03 7 1.214929e-02 0.357057 2.863616e-03 8 3.533113e-03 0.290808 8.327628e-04 9 1.343893e-03 0.380371 3.167586e-04 10 2.968745e-04 0.220906 6.997400e-05 11 5.329671e-05 0.179526 1.256215e-05 12 7.308483e-06 0.137128 1.722626e-06 13 7.411552e-07 0.101410 1.746920e-07
Modifications
- récupérer le répertoire exemples et modifier le Makefile:
nemo-henry% diff Makefile-ori Makefile 4,7c4,7 < CC = mpicc < F77 = mpif77 < CXX = mpiCC < HYPRE_DIR = ../hypre --- > CC = mpcc > F77 = mpf77 > CXX = mpCC > HYPRE_DIR = /local/apps/lib 12c12 < COPTS = -g -pedantic -Wall --- > COPTS = -g #-pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) 36c36,38 < -lsidl -ldl -lxml2 --- > -lsidl -ldl -lxml2 \ > -L/opt/SUNWhpc/lib \ > -lmpi
et en 64 bits:
> diff Makefile ~/src/hypre-2.0.0/src/examples/Makefile.ori 4,7c4,7 < CC = mpcc < F77 = mpf77 < CXX = mpCC < HYPRE_DIR = /local/apps/lib/amd64 --- > CC = mpicc > F77 = mpif77 > CXX = mpiCC > HYPRE_DIR = ../hypre 12c12 < COPTS = -g -m64 #-pedantic -Wall --- > COPTS = -g -pedantic -Wall 27,28c27,28 < LIBS = -R/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lm -lmpi_mt -lfsu -lsunmath -lm -lmtsk < LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) --- > LIBS = -L$(HYPRE_DIR)/lib -lHYPRE -lg2c -lm > LFLAGS = $(LINKOPTS) $(LIBS) -lstdc++ 36,38c36 < -lsidl -ldl -lxml2 \ < -L/opt/SUNWhpc/lib/amd64 \ < -lmpi --- > -lsidl -ldl -lxml2
dans le répertoire lapack:
> diff lapack/Makefile.ori lapack/Makefile 104c104,105 < xerbla.c --- > xerbla.c\ > dlamch.c 112c113 < all: ${OBJS} dlamch.o --- > all: ${OBJS} 127,129d127 < dlamch.o : dlamch.c ${LAPACK_HEADERS} < ${CC} -c dlamch.c <
problèmes
version 2.2.0b zero-sized struct/union cc: acomp failed
cette erreur:
mpcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I. -I/usr/include/libxml2 -I/usr/java/include -I/usr/java/include/solaris -I./../sidlx -xO3 -xdepend -xprefetch=auto -xprefetch_level=3 -xvector -ftrap=common -m64 -D_REENTRANT -c sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c -KPIC -DPIC -o .libs/sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.o "sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.h", line 75: zero-sized struct/union cc: acomp failed for sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.c make[3]: *** [sidl_rmi_InstanceRegistry_Impl.lo] Error 1
est prise en compte dans Studio 12, donc il faut ajouter -features=extensions
interface babel ne compile pas
Pour compiler avec l'interface babel, il suffit d'ajouter “–with-babel” sur la ligne configure, dans do_work.sk. Mais la compilation échoue à cause du problème suivant:
"/local/apps/src/hypre-2.0.0/src/babel-runtime/sidl/sidl_io_Serializer.h", line 1411: Error: 'sidl_io_Serializer__connectI' referenced in #pragma should be global and previously declared.
This error is due to these lines:
#pragma weak sidl_io_Serializer__connectI struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...);
if we invert the two preceding lines:
struct sidl_io_Serializer__object* sidl_io_Serializer__rmicast(...); #pragma weak sidl_io_Serializer__connectI
C'est ce qui est expliqué Error with #pragma weak , mais faire cette modification manuellement est trop long (plus de 20 fichiers!)
Pour l'instant, pas d'interface babel…
Les hacks ont été faits par Yann
Attention, pour utiliser les libs optimisées du constructeur (sun perflib), ne pas oublier les lignes suivantes en argument du configure:
> --with-blas-libs="sunperf" \ > --with-blas-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \ > --with-lapack-libs="sunperf" \ > --with-lapack-lib-dirs="/opt/SUNWhpc/lib/amd64" \
Utilisation de l'interface babel
Comme cela manque d'exemples, il faut fouiller dans les sources de hypre. On peut s'inspirer de:
- src/test/f77_ij_b.f