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Logiciels scientifiques
Logiciels commerciaux, soumis à licences:
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
---|---|---|---|---|---|
matlab | slatp,shrek,octopus | de 6.5 à 7.10 | la version 7.10 sur octopus a un seul jeton! | ||
maple | serveurs de sunrays | 7 | |||
mathematica | N/A | possible dans le cadre de la mesogrille marseille-nord |
Logiciels équivalents gratuits:
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
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scilab | nemo, octopus | ||||
Octave | toutes | ||||
sage | serveurs de sunrays, octopus | 4.3.0.1 et 4.4.1 | |||
R | nemo | 2.6.1 | Notes | ||
mathemagix | octopus | 25 mai 10 | Système de calcul formel et analytique généraliste | ||
axiom | octopus | 25 mai 10 |
Autres logiciels:
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
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svn | toutes | sept 05 | subversion | demander un compte sur le serveur subversion de mathrice | |
cvs | toutes | cvs | demander un compte sur le serveur CVS du CMI | ||
compilateurs Sun | nemo, slatp, shrek | ||||
compilateurs Intel | slatp, shrek | /opt/intel/…/doc/ | |||
MPI | nemo | Mpich, MPI, OpenMPI | |||
MPICH | nemo, slatp, shrek | ||||
OpenMP | nemo | inclus dans les compilateurs Sun Studio | |||
ATLAS | shrek | 3.6.0 | |||
AMD Performance Library | nemo | 4.0.0 | (AMD Core Math Library) (BLAS, Lapack,FFT) | 64 bits uniquement | |
BLAS | nemo, slatp, shrek | GotoBLAS |
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
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CBLAS | nemo | ||||
LAPACK | nemo, slatp, shrek | ||||
BLACS | nemo | ||||
ScaLAPACK | nemo | ||||
UMFPACK | nemo | ||||
PETSC | nemo | ||||
Pelicans | nemo | ||||
Hypre | nemo | ||||
Mumps | nemo | ||||
gmv | nemo, slatp et shrek | notes | binaires linux et |
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
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Pari | nemo | 2.2 | Notes | ||
Asir | nemo | 20060809 | Notes | ||
Boost | nemo | 1.34.1 | Notes | ||
gsl | nemo | 1.9 | Notes | ||
gmsh | nemo | 2.2.3 | Notes | ||
Macaulay2 | |||||
scipy | Scientific Tools for Python | ||||
MPTK | the Matching Pursuit ToolKit | ||||
PyML | PyML is an interactive object oriented framework for machine learning written in python |
Logiciels | machines | Version installée | Date | Documentation | Commentaires |
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Paraview | |||||
k3 | |||||
boost | |||||
Tix | |||||
graphviz | |||||
matplotlib | |||||
arpack | |||||
Apache C++ stdlib | |||||
NONMEM | nemo | 6.1.0 | non-linear mixed effects modeling. | ||
HSL | nemo | HSL Archive |
Logiciels bureautique
Latex
2 distributions sont disponibles sur les serveurs calypso/mombasa/protis:
- Gutenberg/TexLive7 disponible par défaut
mombasa-henry% /opt/csw/bin/latex poster_cfm07.tex
- Tetex 3.0, plus récente, modifier le PATH pour l'utiliser
mombasa-henry% which latex /usr/local/TeX/TL7/bin/sparc-solaris2.7/latex mombasa-henry% setenv PATH /opt/csw/bin:${PATH} mombasa-henry% which latex /opt/csw/bin/latex
Par exemple, cette version plus récente permet de compiler sans problème les posters.
mombasa-root% (setenv PATH /opt/csw/bin:${PATH}; texconfig) =========================== version information ========================== teTeX-src release: 3.0 teTeX-texmf release: 3.0 ==================== binaries found by searching $PATH =================== PATH=/opt/csw/bin:/usr/openwin/bin/xview:/usr/openwin/bin:/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/TeX/TL7/bin/sparc-solaris2.7/:/usr/local/bin:/opt/csw/bin:/usr/sfw/bin:/opt/sfw/bin:/usr/ccs/bin:/opt/SUNWspro/bin:/opt/SUNWut/bin:/opt/SUNWut/sbin:/usr/dt/bin:/usr/sadm/admin/bin:/usr/sadm/bin:/opt/SUNWppro/bin:/opt/NSCPcom:/usr/bin/nsr:/opt/local/bin:/usr/platform/sun4u/sbin:/opt/rsc/bin:/usr/local/mysql/bin:/opt/hpnpl/bin:/usr/local/cap/cap60/bin:/usr/local/apache/bin:/usr/local/BerkeleyDB.3.2/bin:/usr/ucb:/opt/SUNWseam/3_0/bin:/usr/local/nttcp-1.47:/opt/atalk/bin:/usr/pkg/sbin:/usr/pkg/bin kpsewhich: /opt/csw/bin/kpsewhich updmap: /opt/csw/bin/updmap fmtutil: /opt/csw/bin/fmtutil texconfig: /opt/csw/bin/texconfig tex: /opt/csw/bin/tex pdfetex: /opt/csw/bin/pdfetex mktexpk: /opt/csw/bin/mktexpk dvips: /opt/csw/bin/dvips dvipdfm: /opt/csw/bin/dvipdfm =========================== active config files ========================== /opt/csw/share/texmf-config/dvips/config/config.ps /opt/csw/share/texmf-dist/dvipdfm/config/config /opt/csw/share/texmf-dist/tex/generic/config/pdftexconfig.tex /opt/csw/share/texmf-dist/web2c/mktex.cnf /opt/csw/share/texmf-dist/web2c/updmap.cfg /opt/csw/share/texmf/web2c/fmtutil.cnf /opt/csw/share/texmf/web2c/texmf.cnf /opt/csw/share/texmf/xdvi/XDvi ============================= font map files ============================= psfonts.map: /opt/csw/share/texmf-var/fonts/map/dvips/updmap/psfonts.map pdftex.map: /opt/csw/share/texmf-var/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map ps2pk.map: /opt/csw/share/texmf-var/fonts/map/dvips/updmap/ps2pk.map dvipdfm.map: /opt/csw/share/texmf-var/fonts/map/dvipdfm/updmap/dvipdfm.map =========================== kpathsea variables =========================== TEXMFMAIN=/opt/csw/share/texmf TEXMFDIST=/opt/csw/share/texmf-dist TEXMFLOCAL=/opt/csw/share/texmf-local TEXMFSYSVAR=/opt/csw/share/texmf-var TEXMFSYSCONFIG=/opt/csw/share/texmf-config TEXMFVAR=/root/.texmf-var TEXMFCONFIG=/root/.texmf-config TEXMFHOME=/root/texmf VARTEXFONTS=/var/tmp/texfonts TEXMF={!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist} SYSTEXMF=/opt/csw/share/texmf-local:/opt/csw/share/texmf:/opt/csw/share/texmf-dist TEXMFDBS={!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}:/var/tmp/texfonts WEB2C={!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}/web2c TEXPSHEADERS=.:{!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}/{dvips,fonts/{enc,type1,type3}}//TEXCONFIG={!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}/dvips// ENCFONTS=.:{!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}/fonts/enc// TEXFONTMAPS=.:{!!/root/.texmf-config,!!/root/.texmf-var,/root/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-config,!!/opt/csw/share/texmf-var,!!/opt/csw/share/texmf,!!/opt/csw/share/texmf-local,!!/opt/csw/share/texmf-dist}/fonts/map// ==== kpathsea variables (from environment only; ok if no output here) ====
Staroffice/OpenOffice
StarOffice 8 est disponible sur les serveurs, il correspond à peu près à OpenOffice 2.3.x (?!). Seul OOo est libre et gratuit, tandis que SO est mis gratuitement à disposition pour la communauté de l'éducation/recherche. La différence entre les 2 tient surtout à une galerie d'objets et des dictionnaires (mais cela se rajoute sans problème dans OOo). C'est juste que SO est intégré à Solaris.
Travailler des documents MS-Office avec Staroffice
- si possible, sauver le document au format Open Document et renvoyer le PDF de votre travail
- les utilisateurs de MS-Office peuvent vous envoyer des documents au format Open Document, s'ils installent le programme suivant.
- sinon, essayer les conseils suivants:
il faut la plupart du temps déverouiller les sections pour pouvoir changer les couleurs de fond qui sont mal converties (un fond blanc devient noir par ex et tu ne vois plus les champ ou question) format > section ouvrir le cadenas puis changer les propriétés du formulaire pour les mettre soit en auto, soit en blanc... tu vois alors réapparaître toutes les questions et tu coches sans souci en cliquant sur les zones grisées, tu as une boite de dialogue qui te permet de renseigner les champs prévus par le concepteur